发酵技术国家工程研究中心是经国家科技部和国家计委批准，在国家相关领域重点建设的50个国家工程研究中心之一，是研究机构设在江苏高校中的为数不多的国家级工程研究中心之一，主任薛培俭。 该中心由我国生物工程领域龙头企业安徽丰原集团有限公司、发酵技术领域龙头高校，教育部直属的国家211工程重点建设高校之一的江南大学、211工程和985工程重点建设的百年名校天津大学、我国自然科学领域的最高科研机构中国科学院等离子物理研究所联合组建，总投资达6800万元。中心采用细胞工程、基因工程、离子束诱变等技术，创建和选育高产微生物菌株，并进行发酵过程优化控制及生物反应器放大技术研究，为发酵行业提供成熟的成套工程化技术，同时进行微生物发酵和生物活性产品与工程的研究开发等，提升我国发酵工程的产业技术水平。
国家工程研究中心是国家科技发展计划的重要组成部分，以“创新、产业化”为指导，旨在探索科学与经济结合的新途径，加强科技成果向生产力转化的中间环节，促进科技产业化，同时，面向企业规模生产的需要，推动集成、配套的工程化成果向相关行业辐射、转移与扩散，促进新兴产业的崛起和传统产业的升级改造，促进科技体制改革，培养一流的工程技术人才，建设一流的工程化实验条件，形成我国科研开发、技术创新和产业化基地。
