北京大学器官移植中心成立于2001年10月10日，在北京大学人民医院成立。该器官移植中心由北大医院、北大人民医院、北大三院等北大所属的5家医疗机构的相关科室联合组成，由北京大学医学部直接领导，旨在整合优势，实现资源共享，推进包括肝移植、肾移植、胰腺移植、心脏移植、角膜移植、骨髓移植等医疗和科研工作的深入开展。该中心是目前国内规模最大、学术水平最高的器官移植医疗机构。
中心自成立以来，经过北大医学部直接领导和北大第一医院、人民医院、第三医院等五家医院相关科室的共同努力，在器官移植的临床治疗和基础研究上做了大量工作，逐年取得显著性突破和进步，目前中心已成为国内最具影响力的器官移植中心之一，多方面在国内居领先地位。在中心的大力推动下，北大医学部三所综合医院的肝、肾移植工作稳步发展，九年来，共完成肝移植896例，肾移植1832例，其中2009年完成肝移植52例，肾移植144例，使肝移植工作继续保持在北京地区领先地位。这不仅反映在手术例数方面，也体现在患者术后存活率显著上升以及新技术、新术式的不断开展上，在移植专业领域创出了自己的特色。
同时，中心依托北大医学部的科研实力，在器官移植基础研究上下了大功夫，获得了包括973基金、国家自然科学基金、教育部高校博士点基金在内的多项国家及省部级科研基金资助，目前在研的基金资助总金额超过150万元。在各项基金的资助下，各医院在国内外发表了一批高水平的临床基础研究文章，在国内各移植中心位居前列。另外，中心在学术交流方面也是成绩斐然。近几年，中心主办了一系列有影响力的国际性学术会议，如2008年10月底由北京大学器官移植中心、北京大学人民医院在人民大会堂主办的“第四届全国器官移植学术会议暨2008医学前沿论坛”，与会专家和院士共计约400余人，在移植学界造成了广泛的影响；2009年9月，第二届国际肝脏移植学会亚太地区年会在中国北京召开并由北京大学器官移植中心主办，不仅使国内的移植医师得到了与国际知名教授专家直接交流的机会，同时也为国际同行能更全面深层次地了解中国肝移植提供了一个平台。举办如此高规格的国际性学术研讨会，不仅提高了中心自身的理论和实践能力，更可以提高中心在国内乃至国际上的学术地位，得到更多国内外业界人士和机构的认可。
中心还在脑死亡的工作上做了巨大的探索和努力。受卫生部委托2007年8月14日在北医召开了北京大学脑死亡相关问题研讨会，随后2008年4月17日北医组织召开了“脑死亡概念研讨会”，本次工作会议对心源性死亡（DCD）器官捐献技术、标准及分配原则作了重点研究和讨论。人民医院肝胆外科王东副教授做了题为“无心跳死亡供体器官捐献的临床应用研究”的报告，对DCD的定义、我国实施DCD的背景和意义、DCD实施的组织结构和工作流程进行了详细的阐述和说明。与会的各位专家认为中心应该在DCD器官捐献中做出自己的贡献，形成以北大医学部为依托，借助北京红十字会，由中心进行协调的DCD捐献分配体系。同时，本次会议决定申请成立中心理事会，负责制定中心的发展方向和重大战略决策，管理移植中心资金，协调各单位各学科的临床移植和科研工作，共同促进北京大学乃至全国器官移植工作的开展。
