中国科学院微生物研究所于1989年3月正式向中国科学院院和国家计委申请利用世界银行贷款建立微生物资源前期开发国家重点实验室，同年6月获得批准。1991年12月，实验室的建设工作正式启动；1993年12月，经专家组论证、中国科学院批准，实验室正式对外开放；1995年12月，实验室通过了国家计委验收；1998年3月中国科学院对实验室进行了评估，1999年7月实验室进入了中国科学院知识创新工程；2001年6月实验室通过了国家评估。现任实验室主任为黄力研究员,学术委员会主任为魏江春院士。
实验室的研究方向与内容：微生物资源前期开发国家重点实验室将研究方向确定为：微生物资源的收集、评估和生物学基础研究以及微生物资源开发利用的前期研究。前者强调基础性、前瞻性和战略性，后者则着眼于在较短时间内满足国民经济发展的某些需要。目前实验室主要在以下四个领域开展工作：（1）极端微生物资源的研究；（2）微生物来源生物活性物质的研究；（3）生物化工；（4）微生物资源数据库及网络系统的建立。
近五年来，实验室先后承担了国家攻关课题、国家自然科学基金项目、科学院重大和重点项目，国家“863”计划，“973” 计划项目、国际合作项目，以及与部、所、高等院校等单位的科研合作项目共79项，到位经费近2000万元人民币。实验室共发表论文150多篇,其中发表在被SCI收录的刊物上的论文共37篇，发表专著15部。申请专利24项, 其中7项已获专利权，2项科研成果分别获得国家科技进步二等奖和国家技术发明二等奖，1项研究成果获中国科学院发明一等奖。
在应用研究方面,实验室已成功转让了甘露寡糖、长链二元酸、乳链菌肽、抗真菌药物─尼可霉素等8项科研成果。
实验室共有固定人员共26人，15人具有高级职称；其中，6人具有博士学位，2人为国家杰出青年基金获得者。学科带头人中年龄在45岁以下者占64 %。实验室建立并逐步完善了一套研究生培养的管理制度和方法，使研究生的培养工作得到了有序的发展。近五年来，共招收博士研究生35人，硕士研究生28人；其间，已有13名博士生和12名硕士生毕业。另外，还培养博士后3人。
实验室拥有一批先进的仪器设备，包括：5升全自动发酵罐，冷冻干燥仪，高速离心机，超高速离心机，多台分析型液相色谱仪HPLC、制备型液相色谱仪FPLC，气相色谱/质谱仪，毛细管电泳，显微超作倒置显微镜等等，是一个实力相当雄厚的国家重点实验室。
微生物资源前期开发国家重点实验室的依托单位是中国科学院微生物研究所。实验室管理工作的重点在于营造有利于科研发展、实验室进步的软环境，为此制定了《微生物资 源前期开发国家重点实验室岗位聘任实施办法》和《微生物资源前期开发国家重点实验室绩效工资及奖励实施办法》。实验室主任在岗位设置、人员聘任和经费使用方面享有充分的权利，实行以按需设岗、按岗聘任、定期考核、开放流动为特点的运行机制。
