为适应常州地区开放型经济发展的需要，经国务院批准，1991年12月26日常州海关正式开关，隶属于南京海关。1993年经海关总署批准设立常州海关驻溧阳办事处，并于1996年4月8日正式开关。1999年8月17日，成立常州海关缉私分局。2006年1月，常州海关驻出口加工区办事处正式挂牌并封关运作；2007年9月28日常州海关驻武进办事处正式成立，管辖范围常州市武进区。
常州海关是国家设立在常州地区的进出境监督管理机关，负责常州地区进出境货物、运输工具监管，稽征关税和其他税、费，查缉走私，编制海关统计和办理其他海关业务。常州海关建关以来，在上级海关正确领导和地方政府的大力支持下，海关事业的壮大和常州开放型经济的发展互相推进。一方面，海关的设立，改善了常州的投资环境，提高了对外贸易效率，使常州开放型经济的发展如虎添翼。另一方面，常州开放型经济的迅猛发展，使常州海关的业务量逐年迅速增长。2008年，征收关税2.78亿元，代征税12.2亿元；加工贸易备案合同6911份，备案金额20.65亿美元，联网监管企业16家；监管进出境货物222.36万吨，货值32.35亿美元，监管进出境集装箱15906箱次；审批减免税56168万美元，实际减免税87428万元；审结报关单21038份。
常州海关将始终贯彻执行“依法行政，为国把关，服务经济，促进发展”的海关工作方针，按照“政治坚强，业务过硬，值得信赖”的队伍建设要求，把常州海关建设成为科学文明廉洁高效的现代化海关。
