为了满足解放后劳动人民子女学习文化的需要，1951年5月23日，如皋县人民政府决定在石庄镇北首创办“如皋县石庄初级中学”，委派县文教科长张正联亲临组建“石庄区中小学建校委员会”（其成员有朱恒富、刘昆、贾彭龄、汤慧余、汤君峰、汤其尧等人），任命县督学贾彭龄始任“如皋县石庄初级中学”校长，负责筹建工作。建校资金主要来源有：县政府批拨大米6万斤，石庄区署拨款1590万元（当时币制1万元合今1元，下同）、公房变价1330万元和没收来的部分敌产，石庄镇群众捐款1674.4万元，吴窑乡刘庄村、石北乡道士观村献出大银杏树，“建校委员会”专程赴上海召开“同乡会”，募捐1055万元。“建校委员会”合理使用政府拨款和群众捐资，认真组织施工。当年8月招收初一新生两个班，暂寄东王庄桥张宅“石庄初中补习班”上课。同年年底，在现校址建成计有十三个园门的六个教室。
1952年春，寄居在东王庄桥张宅的两个初一和一个初二的学生搬入新校舍上课，隆重举行“如皋县石庄初级中学”开学典礼，校长贾彭龄在会上讲话，并向全校师生颁发了三角形的校徽。1952年秋季，招收三个班的初一新生，年底胜利乡水洞口校撤并一个初二班，至此，全校已有7个班，学生403人。至1955年，学校已有12个班级，学生750人。
为了进一步适应国家建设的需要，江苏省人委于1956年7月10日批准石庄初级中学增设双轨高中部，校名改为“如皋县石庄中学”，成为全县第一所农村完全中学。这一时期，学校规模得到发展，新建校舍124间，在校生增加到800多人，教职工达60多名，在党的教育方针指引下，办学思想更加明确，教育教学工作稳步向前发展。
1960年起，国家处于暂时困难时期，学校办学也极度困难。1962年，贯彻“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，是年8月，石庄中学第一次被定为县属重点学校。
“文革”十年，学校处于动乱时期，教育教学秩序遭到严重破坏，教学质量大幅度下降。
1978年2月27日，石庄中学第二次被定为如皋县重点中学，县教育局先后调进一批教学骨干力量，充实了师资队伍。
1981年秋，初、高中学制均恢复为三年；1982年，王东校长提出了“尊师、守纪、勤奋、朴实”八字校风（1991年将“尊师”改为“团结”），并采取有力措施为形成优良校风而奋斗；2006年10月，学校重新修定“石中一训四风”内容：校训“和谐共振，追求卓越”；校风“守诚、求是、博学、超越”；政风“清正、民主、拓新、创优”；教风“精业、爱生、善导、树人”；学风“求真、笃行、敏学、创新”。
1983年校男女排球队参加南通市中学生排球赛双获第一名，并代表南通市参加省中学生排球赛，男队获省第七名。1983年学校被江苏省教委和省体委定为排球传统项目学校，其后于1985、1987、1992、1996年均顺利通过省级验收。在县级以上比赛中，学校男女排均取得较好成绩，1978年以来，学校为高一级学校输送体育新生187名，为省运动队、省运动学校输送7名运动员，有96人达三级运动员标准，12人达二级运动员标准。
1983年开始推行“教工代表大会制”，实行民主管理，重大事件都由教职工大会或其主席团讨论决定，迄今已召开七届教工大会；1984年开始试行《岗位责任制》，学校管理逐步规范化、制度化；1986年学校被评为县级“文明单位”。
1994年，如皋市人民政府确定石庄中学升格为骨干完中，学校党政领导抓住契机，提出了“创特色学校，争省级重点”的奋斗目标，在全校师生面前竖起一面招引人前进，激励人奋斗的鲜艳旗帜。
1995年3月新到任的如皋市委书记郁政同志和南通市政府、市教委领导李炎、王建明、钱炜等同志相继来校视察，并对学校创建工作和校园远景规划等作出重要指示。5月份学校邀请东南大学建筑设计院苏州分院的专家来校进行实地考察，注意体现学校历史文脉和生态特色，重新规划学校的整体布局。并在校东北角征地7.24亩，用于新建学生宿舍楼和图书馆，在石庄镇西板桥南征地3亩，集资建教工宿舍楼，在如皋经济开发区征地13亩，搬迁校办工厂，三次征地后，校园面积由原来的64亩增加到87亩，为实现学校“创建省重点”目标奠定了坚实的基础。在市教育局的领导和支持下，是年8月17~20日，学校召开了第五届教工代表大会，我校顺利承担了如皋市完、职中人事管理“四制”改革的试点工作，95年9月1日开始，学校一切按“四制”改革方案试运行。95年底我校被命名为江苏省德育先进学校。
1997年5月15日~16日南通市教委组织专家组来校验收，南通市教委通教中（1997）8号文确认石庄中学为首批南通市重点高中。97年8月10日学校举行了南通市级教育科研课题《心理变异学生的德育研究》的开题仪式，南通市教科所陈家颐、宋方所长，市局教科所姜建荣主任等出席开题仪式，并就课题的界定和如何开展研究作了指导性发言。
1998年6月如皋市人民政府推举石庄中学申报江苏省重点高中，是年12月20~22日，省教育评估院组织专家组一行5人来校验收，1999年4月，苏教基（1999）37号文确认石庄中学为第四批新增省级重点高中，5月28日学校举行简朴、隆重的“省重点高中挂牌庆典仪式”，在北京工作的二十多位校友、省、市、县教委各级领导纷纷来信、来电和到场祝贺，殷切希望石庄中学再接再厉，再铸辉煌。
在各级领导和社会各界的亲切关怀下，通过几代石中人含辛茹苦，负重拼搏的艰苦努力，石庄中学实现了历史性的自我超越，成为江海平原上较有影响的省级重点高中。
学校大力实施“青蓝工程”和“名师工程”，教师素质不断提升，在214名专任教师中，南通市第二梯队名师培养对象4人，南通市农村优秀教师2人，南通市168优秀教师4人，南通市学科带头人、骨干教师4人，如皋市学科带头人、骨干教师22人，中学高级教师34名，中学一级教师89名，为学生的成长奠定了良好的基础。中青年骨干教师优秀群体正在形成， 2004年度，在省、市、县优秀课教学了竞赛中有6位老师获市（县）一等奖，3位获南通市一等奖，2位获江苏省二等奖。2006年优秀课教学竞赛中，有12位老师获如皋市一等奖，3位获南通市一等奖。
2005年秋学校在校河北征地73亩（含水面积），用于兴建400m运动场地、体育馆、学生公寓楼等，在石庄镇凌翔花苑两次征地13.5亩，新建五幢教工宿舍楼，至此校园占地165.3亩。全校现有62个教学班，近3700名师生员工。经过历代石中人的努力，学校逐渐形成了纯朴的校风、严谨的教风、勤苦的学风。拥有一流的教学设施设备，现有70个标准教室，每个教室均配备空调、29英寸彩电和远程教育宽带网。拥有理、化、生、音、美、微、通用实验室23个，学生微机房4个（2个兼电子阅览室），教师电子备课室2个，配有电脑450多台，多媒体教学设备36套，拥有南通市一级优秀图书馆、藏书十几万册，一流的设备为学生的全面发展提供了广阔的平台。
2001年新组建的校党政领导集体，确立新的办学目标，树立以人为本的办学理念，体现人文关怀，逐步完善全员聘任制和结构工资制，构建敬业爱生优秀教师群体，实现了跨越式发展。2002年学校首次荣获如皋市高中教育质量综合评估一等奖。
2002年3月校教工大会主席团讨论制定《石庄中学教师课时津贴试行条例》，对教学一线的教师、工作量大的教师实行了待遇倾斜政策，将教育教学质量直接与活工资挂钩，调动了教学一线人员的劳动积极性，提高了整体办学效益。用先进的办学理念构建学校先进的管理模式，石庄中学富有个性的学校管理文化是刚性和柔性相结合，制度与人文相结合，更多的时候，体现的是柔性和人文的关怀。坚持做到关心特殊生细到“骨节”，关怀高三人细到“情节”，关注高考细到“小节”。石中人坚信在不知不觉中关爱才是真正的关爱，一代一代石中人在传承着“沉默的爱”的行动。学校教育教学管理中，一是注重发挥两个管理层面的作用（教导处和备课组），二是以科学合理的考核方法来推动集体备课，三是实行“导师制”，弥补了教师经验不足的缺陷。
2005年8月学校召开第七届教工大会，一致通过《如皋市石庄中学“十一五”发展规划》，明确提出“十一五”期间的办学目标是：以人为本，求真务实，深化改革；与时俱进，建成四星高中，确保教育质量高位走强。
2006年下半年，学校新一届领导班子全面贯彻党的教育方针，开全开足课程，积极推进素质教育。为学生发展搭建平台，举办了“洪战辉事迹报告会”、“弘扬长征精神，立志成长报国”演讲比赛、“校园十佳歌手大赛”，组织开展了石庄中学“六荣六耻”、“做石庄中学六生”、“争做文明学生、创建文明校园”、“学雷锋献爱心”、捐助扶贫等活动，把学校紫藤长廊的橱窗改造后交给学生自己出板报，举办学生书法绘画佳作展览，组织学生代表观看《欢乐中国行》“魅力如皋”文艺晚会，派优秀学生代表刘莹莹赴港澳进行中学生活动交流，举办学生干部培训班，组织学生放飞风筝，参加省科技厅和教育厅组织的实验技能大赛，获得一等奖，让学生体验到学习生活的充实，让学生感受到校园时光的美好。在搞好素质教育的同时，学校扎实开展新课程课堂教学模式的探究活动，组织教师外出学习培训、听课交流、优秀课评比、课题研究等活动，努力造就一支适应时代发展的教师队伍。
石中人发扬“不畏艰难、不懈追求、不断超越”的石中精神，锐意进取，勇于争先，获得了一系列殊荣。学校先后被评为江苏省德育先进学校（第二次确认）、江苏省实施素质教育先进学校、江苏省青少年科技教育特色学校、江苏省招飞先进单位、南通市文明单位、南通市模范学校、南通市教育系统先进集体、南通市安全文明校园、南通市优秀学习型先进组织、南通市现代教育技术先进集体、南通市治安防范先进一级单位。
学校的发展，赢得了社会的广泛赞誉，市内外兄弟学校纷纷慕名而至，辐射效应日益凸显。在市教育局的安排下，2006——2007一学年中，学校接待外地教育考察团9批342人次。省教育评估院领导来校考察后说：“一个靠理念引领，责任取信，科研支撑，文化渲染的石中正跻身名校的行列。”
目前，学校正本着“为学生的终身发展奠基”之目标，牢牢扭住“素质教育”这个磐石不动摇，死死盯住“质量立校”这个高标不动摇，切切锁住“文化强校”这个底线不动摇，不畏艰辛，履行责任教育，勇于创新，不断攀高超越，办让人民群众真正得实惠的教育，着力把学校打造成“如皋品牌、南通一流、江苏知名”的现代化内涵型高级中学。
