南京市汉中门小学的前身,是以私立明德小学为基础,与汉中堂义务小学、市立朝天宫小学等两所小学合并而建立的。
1925年，基督教长老会设立了私立明德小学，从属于1884年美国籍教师李满夫人所创“明德女子书院”。
汉中堂义务小学在莫愁路388号。
南京市立朝天宫小学设在建邺路6号文庙（即朝天宫）内，其前身是朝天宫简易小学。
上述三所小学，于1952年4月合并，除汉中堂义务小学保留原址外，朝天宫小学与私立明德小学迁移至莫愁路401号建校。定名莫愁路第二小学，1952年10月“莫二小”又改名为南京市四区第一中心小学。
1970年8月易名四新小学。
1980年定名为建邺区第一中心小学。
1974年，原侯家桥小学撤销，部分班级和教师并入本校。84年原罗廊巷小学撤销，部分班级和教师并入本校。99年原天妃巷小学撤销，部分班级和教师并入本校。
2002年11月区划调整，本校划入白下区。
2004年区小学布局调整，原柏果树小学所有班级和教师全部并入本校。
2005年更名为南京市汉中门小学 十一届三中全会以来，学校的校舍建筑逐步改造，现代化的教学设备逐步投入，办学条件得到很大改善，办学质量稳步提高。1998年被评为市规范化小学。2001年被评为市示范化小学。2003年被评为市实验小学。2005年被省教育厅确认为江苏省实验小学。2002年被市教育局批准为南京市小班化教育实验学校。学校现有校园面积6716平方米，建筑面积5620平方米。23个教学班，全部实行小班化教学，每班学生数控制在28人以内，现有教师57人。
进入新世纪，学校积极研究探索实施素质教育的新路，确立了“小班化开心教育”的研究课题。探索“开心的校园文化，开心的学科教学，开心的校本课程，开心的少先队体验活动”开心教育实践模式，并努力打造成开心教育特色品牌。
