港口海岸与近海工程学院的前身可追溯到1952年创办的华东水利学院水道及港口工程系，1985年更名为航运及海洋工程系，1995年与海岸及海洋工程研究所联合成立了港口航道及海岸工程学院，2000年更名为交通与海洋工程学院，2004年更名为交通学院、海洋学院（二块牌子，一套班子），2009年更名为港口海岸与近海工程学院。在五十多年的办学历史中，两院院士严恺教授等知名学者先后在学院工作或学习过。五十多年来，学院不仅为我国港口建设等工业领域输送了六千余名毕业生，而且支援了校内外港口海岸与近海工程、海洋科学与技术等学科和专业的创建和发展，为我国高等教育事业和国民经济建设做出了重要贡献。
学院下设水道及港口工程系、海洋科学与技术系、海岸与海洋工程系3个系，并设有工程CAD与图学教研室、海岸及海洋工程研究所、风暴潮灾害研究所、物理海洋研究所、高坝通航研究所、“海岸灾害及防护”教育部重点实验室、港口航道及海岸工程实验中心等教学科学研究机构。
学院现有港口海岸及近海工程、海岸带资源与环境、物理海洋学3个博、硕士点，交通运输工程领域工程硕士点，港口航道与海岸工程、海洋科学（海洋技术）2个本科专业。港口海岸及近海工程学科1994年被评为江苏省重点学科，1997年被列为国家“211工程”重点建设学科，2000年以“优秀”通过江苏省重点学科建设验收并被评为“十五”省重点学科。2004年与学校其他学科共建“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”，2005年底获准建设“海岸灾害及防护教育部重点实验室”。同年本学科点被评为江苏省国家重点学科培育点及“十一五”省重点建设学科，2007年被评为国家重点学科。物理海洋学学科2007年被评为江苏省重点学科，港口航道与海岸工程专业2002年被确定为河海大学首批品牌建设专业，2003年被批准为江苏省品牌专业建设点，2005年以优异的成绩通过验收正式挂牌，2007年被批准为教育部特色专业建设点。
学院在学科创始人中科院院士、工程院院士严恺教授的带领下，造就了一批有高深造诣的港航工程、海岸与海洋工程、交通工程方面的学者和专家，建立了比较完整的交通与海洋方面的学科体系。在教学、科研、服务社会方面成绩斐然，为祖国的现代化建设做出了杰出的贡献。学院在现代筑港工程、航道工程、交通工程、海洋动力、海岸水环境、滩涂资源综合开发利用等领域开展了广泛深入的研究，获国家和部、省级科技成果奖60余项，其中获得国家科技进步一等奖三项。
学院以现有学科方向为基础，积极跟踪国际学术前沿，增强国际国内学术交流，广泛开展学科间和院系间的交流与合作，先后与诸多国际学术机构建立了广泛的合作关系，推进与国际知名大学间的人才联合培养工作，同时积极选拔优秀青年教师出国进修、访问或参加国际会议，推动学院整体学术水平的提高，扩大了学院的影响力。
