农村经济在线审计系统主要是以农村基层管理数据为基础，通过规范审计业务、优化审计工作流程；实现农村财务、审计业务管理一体化；实现审计统计分析，通过各种指标统计分析、对比分析、比率分析、趋势分析等为审计人员提供多种审计手段，提高工作效率、规范审计业务流程，加强农村财务的监督力度。实现"管理信息化、业务流程化、规范化"的在线审计系统。
示范地区北京市农村审计针对大兴区农村财务审计的现状，大兴区经管站分四步积极开展了农村经济在线审计工作。
第一步，反复论证，仔细研究。会同市站领导就大兴区农村财务审计基础情况进行了专题论证座谈会，并到昌平区进行实地学习调研。
第二步，确定试点，组织实施。利用《北京农村经济在线审计系统》管理手段，在安定、瀛海两个镇实施远程、在线审计先行试点工作，并成立了在线审计工作领导小组。
第三步，设备安装，设施保障。市站无偿提供使用软件系统，根据业务需要为安定、瀛海两个试点镇购置原始票据快速扫描仪、安装了局域网及挂票工具。
第四步，强化培训，提高能力。采取多种形式对参加审计的人员进行系统的在线审计软件操作应用培训，总计100人次，提高了实际操作的能力。新京报：北京市农村审计成效显著北京农村经济审计工作在08年成效最为显著，特别是昌平区首次利用“北京农村经济在线审计系统” 对300多个村官进行经济审计。
2008年，由北京市经管站牵头，昌平区经管站与基层政务软件研发单位共同开发了“北京农村经济在线审计系统”，并成功上线使用。通过这套系统，市、区县、乡镇三级经管部门可通过网络随时随地地开展远程的农村资产审计工作，准确、快速得到审计结果。这种新型的审计方法，实现了审计工作的“业务信息化、数据标准化、操作流程化、管理规范化”，其社会效益十分显著：
1.提高审计工作效率。以往的手工审计要手工查账、看票、分类、汇总，还要进行分析，写报告，工作量大，操作复杂，而且不全面，容易出现遗漏。把审计工作的所有申请及审批流程全部在系统中通过网络传输来完成，自定义设置，只要点击对应的模块，所有项目情况一目了然，并可自动汇总分析，而且提供了提醒、督办的功能，实现了电子文件无纸化办公，大大减轻了手工审计的工作量和工作难度，极大地缩短审计周期，提高了审计工作效率。
2.强化审计监管职能。以往的手工审计都是按照个人自身的工作经验实施审计，审计方法不尽相同，影响审计质量。农村经济在线审计系统通过引入农村经济审计业务中常用的统计学和经济学的分析方法，设定了规范的审计程序，编制了17种常规审计专用模板，审计人员可根据不同的要求生成多种统计图形及报表类型的分析结果，采取事前、事中、事后的全方位审计监督，克服了人为因素，防止漏审、丢审现象的出现，方便快捷，为领导决策提供及时的审计信息。同时，还可通过设置查询条件，随意查询审计项目的每一笔明细业务及原始资料，做到适时监控，审计监管到位，有利于促进村级干部的自我约束、廉洁奉公，同时也保障了审计质量。
3.规范农村财务管理。系统实现了原始凭证与电子凭证的挂接，并在农村经济业务准确核算的基础上建好审计数据源，给审计结果真实性提供了保障，账目由“浑”变“清”，增强了其透明度，可以促进村级集体资产和财务管理工作规范化，改变村级财务管理的混乱状况，有效地防止村集体资产的流失。
4.推动农村民主和谐。以往审计工作从手工查原始票据到得出审计结果，环节多，耗时长。农村经济在线审计系统可以迅速将审计结果对村民公开，所有的账目都有很清楚的收支表。另外，村民也可以通过多样化的方法和途径全面地了解收支情况，从而减少了农民对村干部的不理解和误会，密切了干群关系，保护和激发了农民对发展集体经济的积极性，强化了农村集体资产合理、有效地使用，从而促使其快速发展壮大。
实践证明，北京昌平区新型的农村审计模式，促进了农村基层党风廉政建设和反腐败工作，遏制了贪污挪用、挥霍浪费行为，规范了村级财务，有效防止了集体资产流失，维护了广大农民群众的物质利益，从制度上开辟了一条反腐倡廉的有效途径，增强了村干部的廉洁自律意识，群众对政府的满意度和信任感日益增加，上访事件大幅减少，农村社会和谐稳定，切实推进社会主义新农村建设。
