定义系统方法是现代科学思维的基本方法，它是以系统理论为基础，把对象作为多方面联系的动态整体来加以研究的方法。简单来说就是对事情全面思考，不只就事论事，而是把一件事放在普遍的联系中，是把想要达到的结果、实现该结果的过程、过程优化以及对未来的影响等一系列问题作为一个整体系统进行研究。这种思维方法是目前人类掌握的最高级、最科学的思维方式。
系统思维研究的方法主要有整体法
是在分析和处理问题的过程中，始终从整体来考虑，把整体放在第一位，而不是让任何部分的东西凌驾于整体之上。整体法要求把思考问题的方向对准全局和整体、从全局和整体出发。但同时它不排斥重视局部，是在整体观的指导下使局部问题得到解决，以实现整体功能的最大发挥。
结构法
进行系统思维时，注意系统内部的结构性。系统由各部分组成，部分与部分之间组合是否合理，对系统有很大影响。这就是系统中的结构问题。好的结构，是指组成系统的各部分间组织合理，是有机的联系。从结构的方面着手研究问题能使思维清晰、有条不紊，在这个过程中也能尽量避免错误。
要素法
每一个系统都繁杂的因素构成的，其中相对具有重要意义的因素称之为构成要素。要使整个系统正常运转并发挥最好的作用或处于最佳状态，必须对各要素考察周全和充分，充分发挥各要素的作用。
功能法
是指为了使一个系统呈现出最佳态势，从大局出发来调整或是改变系统内部各部分的功能与作用。在此过程中，可能是使所有部分都向更好的方面改变，从而使系统状态更佳，也可能为了求得系统的全局利益，以降低系统某部分的功能为代价。
