百色市疾病预防控制中心是在2003年2月将原县级百色市卫生防疫站上划并与百色地区卫生防疫站整合为地级百色市卫生防疫站的基础上，于2004年4月，经百色市政府办公室批准正式成立独立运行的。现有干部职工141人，其中在职职工103人，退休人员38人，在职人员中，高级专业技术人员5人，中级专业技术人员49人，初级人员39人，各类卫生专业技术人员93人，占职工总数的90%。设有办公室（含信息、人事、后勤、财务）、质量管理科、疾病控制科、免疫预防管理科、食品与学校卫生科、职业病、放射卫生与公共卫生监测评价科、检验科、预防性健康体检科、综合门诊科、艾滋病、性病、皮肤与慢性病防制科、结核病防制科、健康教育促进科等十二个科室。该中心目前拥有用地面积10120.8平方米，房屋建筑面积达11329平方米，其中业务办公楼三栋（行政办公楼622平方米，新落成国债项目综合业务办公楼3306平方米，检验楼1170平方米）。
百色市疾病预防控制中心是集疾病预防与控制、监测检验与评价、卫生技术管理与服务的全民公益性卫生事业单位。是全市疾病预防控制和卫生监测检验业务技术的指导中心，负责全市各种传染病的监测与调查、重大公共卫生突发事件和不明原因疾病暴发的处理，组织实施开展与人群生命质量有关的食品、环境、放射、学校等卫生监测工作。承担卫生行政部门、卫生监督机构检验和社会委托的检测检验工作。百色市疾病预防控制中心现拥有原子吸收仪、气相色谱仪、声级计、数字风速仪、电子天平、酶标仪、数字温控仪、测汞仪、微机型可见分光光度计、便携式红外线分析器、甲醛分析仪、闪烁辐射仪、智能化χ-γ辐射仪、紫外辐照计等60多台（套）精密仪器。结构合理、功能齐全、技术力量雄厚，是百色市职业卫生等技术服务的技术指导中心。我中心近3年来在省级以上专业杂志发表论文40多篇。
百色市疾病预防控制中心在各级党委和政府的领导下，在各级卫生行政部门和上级业务部门的指导下，领导班子团结协作，全体职工同心同德，始终坚持“预防为主”的卫生工作方针，把握正确的办中心方向，围绕“抓住机遇，深化改革，扩大开放，促进发展，保持稳定”的中心主题，克服重重困难，加大改革力度，加强基础设施建设和内涵建设，逐步实现疾控中心的自我完善，推动了科学管理，提高技术水平，加强精神文明建设，增强职工凝聚力，加快了疾控中心的发展。目前，百色市疾病预防控制中心已经造就了一支具有高素质的业务技术人员和配备有精良的检测检验计量器具、仪器设备、先进的交通工具以及通迅设备反应灵敏、技术精良、工作高效的疾病控制队伍。经过长期艰苦奋斗，在各项卫生防疫工作中取得了显著成绩。多年来，全市传染病总发病率已控制在225.9/10万左右，可免性传染病发病率大幅下降，各种肠道传染病及鼠疫得到了有效控制，先后消灭了天花、血吸虫病和丝虫病，碘缺乏病达到消除标准，疟疾带虫发病率多年控制在1/万以下，先后有10个县（市）达到国家基本消灭疟疾标准，儿童计划免疫“四苗”接种率先后达到国家规定的三个85%目标，全市实现了消灭脊髓灰质炎的目标。先后于1991、1996年两次被国家卫生部授予“全国计划免疫工作先进集体”；2001年被国家卫生部授予“全国消灭脊髓灰质炎先进集体”；1984年自治区人民政府授予“全区民族团结先进集体”； 2000年以来荣获“全区卫生防疫防治先进集体”、“广西消灭脊髓灰质炎强化免疫日活动先进集体”、“广西预防系统优秀基层政研组织”、“广西霍乱防治先进集体”、“广西首次一号病疫情处理先进集体”、“广西非典防治先进集体”等荣誉称号。1999年通过了自治区级计量认证审评，2000年顺利通过全国地（市）级一等卫生防疫站标准的审评， 2005年7月15日和7月24日，我中心先后顺利通过了自治区级建设项目职业病危害评价（乙级）、职业病危害因素监测与评价、放射卫生防护检测与评价、职业健康检查等4项资质和新体系计量认证审评，确保了我单位今后开展职业病防治、卫生监测检验工作的合法资质。
