巨野县疾病预防控制中心的前身巨野县卫生防疫站，2005年经巨野县人民政府批准撤销巨野县卫生防
疫站，组建巨野县疾病预防控制中心。巨野县疾病预防控制中心是巨野县人民政府实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，具体实施政府对疾病预防控制以及卫生监督执法技术支持的职能，不再承担卫生监督执法职能，是集疾病预防控制、公共卫生监测、卫生检验、卫生信息等为一体的疾病预防控制中心。
巨野县疾病预防控制中心其使命是通过对疾病、残疾和伤害的预防控制，创造健康环境，维护社会稳定，保障国家安全，促进人民健康；其宗旨是以科研为依托、以人才为根本、以疾控为中心。
巨野县疾病预防控制中心科室简介办公室负责对中心业务和综合事务的协调、服务与管理，为中心领导做好参谋；负责中心计划管理、综合目标责任制、制度管理、事务公开及信息管理；负责中心会议管理、综合文秘、档案、文印、文件资料收发、车辆管理等管理工作；协助有关科室做好中心内外各项突发事件处理和协调管理工作；负责基建和职工住房的管理；负责冷库、通讯设施等维护管理；负责中心环境卫生、绿化的规划管理。完成上级和中心交给的其他工作。负责中心行政、业务工作的全面质量管理；负责实验室认可质量管理体系文件的起草、修订、督促检查等；负责中心内、外质量问题投诉和质量事故的处理等事宜；负责中心科研项目、继续教育和岗位培训等。总务科负责中心财务预算、决算和工资等日常经费支出，往来帐款及疫苗、药品财务管理；负责中心固定资产、消杀药品、低值易耗品的计划、采购、仓储、调拨、发放、报废等管理。生物制品管理科负责进出本中心的疫苗管理工作。免疫规划科根据国家传染病防治规划，使用有效疫苗对易感人群进行预防接种所制定的规划、计划和策略, 按照国家或者省、自治区、直辖市确定的疫苗品种、免疫程序或者接种方案，在人群中有计划地进行预防接种，以预防和控制特定传染病的发生和流行,通过国家免疫规划的实施，提高群众健康水平和卫生文明水平。对全县计划免疫疫苗冷链管理、配发等工作。学校卫生一科学生健康体检与监测。组织开展食品、学校卫生检测、学校卫生体检与评价及卫生防护，对新建、改建和扩建的学校的选址、设计和竣工验收进行卫生学评价。负责学校卫生相关资料、信息的收集、分析、评价及报告，为学生常见病防治和学生健康教育提供相关依据；指导基层开展相关卫生业务工作。学校卫生二科学生健康体检与监测。组织开展食品、学校卫生检测、学校卫生体检与评价及卫生防护，对新建、改建和扩建的学校的选址、设计和竣工验收进行卫生学评价。负责学校卫生相关资料、信息的收集、分析、评价及报告，为学生常见病防治和学生健康教育提供相关依据；指导基层开展相关卫生业务工作。慢性病防治科组织、指导本市肺结核病、慢性非传染性疾病以及血吸虫病、寄生虫病等地方病防制工作，制定防治策略和措施；指导基层业务建设、培训专业人员，帮助解决技术上的疑难问题；深入基层参加具体业务活动，有计划有重点地开展防制工作，控制相关疾病的流行，降低人群的感染率，减少疾病发生，降低死亡率。麻风病监测与防治工作。项目科负责环境监测、死因调查统筹等工作。公共卫生科（职业卫生科）组织开展职业卫生检测、职业卫生体检、职业危害因素监测与评价等技术指导工作，对新建、改建和扩建建设项目的选址、设计和竣工验收进行卫生学评价。负责职业卫生相关资料、信息的收集、分析、评价及报告，为职业病诊断提供相关依据；指导基层开展相关卫生业务工作。本科室是巨野县唯一一家具有山东省卫生厅授予的健康查体及健康证办理资质的科室，现主要负责外出务工人员健康证办理。检验科按照计量认证要求，对健康相关产品进行微生物、理化等检验，为社会、企业和个人提供公正、准确、及时的检验检测数据；配合职能部门做好食物中毒、暴发疫情等突发性公共卫生事件的检验检测工作，为行政部门制定正确的公共卫生工作措施提供科学依据。门诊部负责疫苗接种等工作。艾滋病防治科对全市艾滋病监测管理工作及对艾滋病的确诊、性病监测、及疫情上报工作。
