泉州市医药研究所为泉州市唯一的一所社会公益型医学科研事业单位。1959年10月创办，1973年改为晋江地区医药研究所，1986年改现称，延续至今。 全所人员核定编制15名，现在编12名，有高级职称专业技术人员3名,中级职称5名。
主要功能为从事公益类医学科学研究及承担全市各医疗卫生单位的医学科研项目设计、数据处理服务，以及医学科研项目的立项、中期评估、结题、成果鉴定、评奖等技术咨询服务。先后获省、市科技进步奖的科研项目6项（含合作），编著正式出版的医药卫生著作5部，内部出版10余部及参与`承担编纂本市连续出版物《泉州卫生志》。每年不定期到基层单位开设医学科研相关讲座。
此外，还长期从事我市各类医学学术活动的组织工作，广泛参与市级医学会组织工作。承担推广部分国家及省卫生部门指定的科技推广项目。
目前，在市卫生主管部门的重视下，正积极进行医学科研基地的建设，引进高层次科研人才，为进一步发展我市医学科研事业做出贡献。
60年代起泉州市医药研究所在医药卫生情报工作方面一向起主导作用。县级医学科学研究所撒销以后，我所医学情报站正式挂牌，更具体地担负泉州市医药卫生情报的搜集和交流工作。
泉州市医药研究所对泉州市中医工作有较大的贡献。对于中药的调查研究与开发始终积极参与。1969-1970年参加编写和出版《中草药手册》；1987年主要负责中药资源调查的内部资料整理；1989年完成《泉州市海洋药物资源调查》科研项目，并荣获泉州市科技进步二等奖。70-80年代还做过多次规模较大的新药验证，包括西药和中成药。
40年来，泉州市医药研究所所取得的科研成果均为社会公益类，主要有《泉州市消灭麻风系统工程研究》、《福建南部（永春）EHF发病因素的研究》、《婴幼儿暑热症发病机制及诊断方法的研究》、《泉州市海洋药物资源调查》等，曾分别获省、市科技进步奖。
