任何结构研究的前提都是结构分类，没有学的结构分类，或无从研究，或是无效研究了正基于此原因，现阶段生态经济结构的研究难以深入。研究生态经济结构首先必须对系统内的构成要素按具体的生态经济标识和规范予以界定，进行分类，以确定研究内容和对象，然后对生态经济系统的结构进行数量或质分析。因此，生态经济结构的理论与实践至少包括:生态经济结构的分类、生态经济结构的指标体系、生态经济的分析与评价研究三个组成部分。分类是以生态经济系统为客体，按不同标识归纳为若干相异的群体，作为结构研究的具体对象;指标体系是度量生态经济结构的尺标或量规，是生态经济结构分析和评价的手段和工具;分析与评价则是具体的操作过程。
1生态经济结构的分类
生态经济结构的分类是结构研究的基础或前提。生态经济系统是多元、多层次的复合系统，结构也必然是多元、.多层次的，建议作以下分类:
1.1产业的生态经济结构分类
参照国民经济三次产业分类法及社会总产值五大类产业分类法，产业的生态经济结构分可以按生态经济特征，把所有产业分别划属为生物资源开发型产业、非生物资源开发型产业、环境资源开发型产业三大生态经济产业类型。
1.1.1生物资源开发型产业。包括以生物资源为开发对象，其经济过程与生态过程、生产活动与生命活动相互同一的种植业、林业、畜牧业、水产业及微生物等第一次产业的全部广业结构内容，还包括第二次、第三次产业中部分从事生物产品生产、开发的产业部门。它属生态、经济相互交叉最密切的产业，往往成
为生态经济研究的第一结构对象。生物资源开发型产业的生产开发过程，生态行为与经济行为紧密交织，甚至凝聚在一起，相互依存。生态活动往往直接构成经济活动过程。经济活动过程又常常直接构成生态活动过程，生态结构要素与经济结构要素同位;其工艺、农艺过程是典型的生态、经济等位的统一过程。生态优化或退化与经济优化或退化同向、同趋势。尽管在生物资源的开发中，可能产生各种短期行为，也会发生各种生态经济矛盾，但从中长期发展目标看，始终是更多地表现为生态目标与经济目标、生态效益与经济效益的同一性;生态决策与经济决策更大的一致性;生态进化与经济增长、生态退化与经济滞退节律的同步
性.生物资源开发型产业往往成为其他产业生态经济效益优化的依赖，在生态经济产业结构中，经常处于主导产业结构地位。
1.1.2非生物资源开发型产业。包括第二次产业中的绝大部分及第三次产业中的大部分内容。这一类型产业以各种非生物资源为开发对象，其生产开发过程主要是机械、物理、化学过程，除人的劳动行为外，基本上属于无生命因素，不直接包含生命活动过程。产业的生态行为、生态位不直接构成自身经济过程的内在
要素，表现为外部的环境要素，产业的经济行为却可能对周围的生态环境系统产生各种积极或消极的影响。通过经济活动及产品一中间产品、最终产品、副产品、废弃品等对其周围的生态环境系统发生正向或逆向干扰。在现代经济及科技条件下，这一产业类型的经济行为经常构成大量消极生态因素，产生大量负生态效应，在生态经济结构中表现为生态负值产业。
1.1.3环境资源开发型产业。包括两大副型产业，第一副型产业为第二次产业中的环境工程产业，是改造、改善、优化生态经济系统环境质量的产业，它以调控生态环境质量为目，而不将自身的最终产品作为主要经济目标，其经济过程即生态优化过程，通过生态优化实现自身的经济、社会价值.如废水、废气、废物处理工程，废弃物回收加工工程，水利及排污工程，林业工程，治沙工程等;第二副型产业是典型的环境资源开发产业，如旅游、保健、体育、康乐型产业等，直接以优美的生态环境作为经济开发的源泉。在环境资源开发型产业的经济过程中，生物、非生物、环境等物质资源往往都不作为消耗性生产要素，不直接融合在最终产品中，环境资源只作为其经济活动的特定空间，互为条件，互相保证，共同增益。尽管一些国家已把环境资源开发列为支柱产业，但从总体上说，属于发展中的产业内容。
产业的生态结构分类主要应用于国家或地区的宏观生态经济分析、决策方面。
1.2行业的生态经济结构分类
产业由众多的行业构成，同一产业中的不同行业除具有共同的产业特征外，又有生态经济特征的行业差异，可作如下行业生态经济结构分类
