教育部人文社会科学重点研究基地20世纪五六十年代,中央领导董必武同志提议，周恩来总理亲自主持，开始筹备清史编纂工作，在成立清史编纂委员会同时，决定在中国人民大学成立清史研究所。
1972年，为落实周恩来总理等中央领导同志的指示，经北京市委批准，成立清史研究小组。
1978年，经教育部批准，在其基础上正式成立清史研究所。
中国人民大学清史研究所成立以后，始终以清史研究、培养清史专门人才和纂修《清史》为工作中心,为新中国历史学科的发展作出了重要贡献。
中国人民大学清史研究所是教育部人文社会科学重点研究基地，是教育部历史学科人才培养和科学研究基地之一,承担了“211工程‘九五’、‘十五’规划清史子项目”。目前拥有六个博士点（中国古代史、中国近现代史、专门史、历史文献学、历史地理学、史学理论与史学史）和六个硕士点（中国古代史、中国近现代史、专门史、历史文献学、历史地理学、史学理论及史学史）。1989年，中国古代史专业被国家教委定为全国高等学校重点学科点。
1999年设立博士后流动站。现为国家历史学一级学科点所在单位。
2007年，中国近现代史专业经过严格评选，被评为国家重点学科。
中国人民大学清史研究所在重点研究基地的建设中，进一步深化科研体制改革。在人员管理上推行择优上岗的竞争机制，由基地负责人与研究人员签定聘任合同，定期评估，逐步建立起机构开放、人员流动、内外联合、竞争创新的运行机制。