元顺帝至正25年（1365年），朱元璋改赣州路为赣州府，治赣县（在今江西省赣州市区），辖赣、兴国（今江西省兴国县）、信丰（今江西省信丰县）、雩都（今江西省于都县）、石城（江西石城县）5县；宁都（领龙南、安远二县）、会昌（领瑞金一县）二州。
明太祖洪武18年（1385年），属岭北道；宪宗成化13年（1477年），设分巡岭北道于赣州。清圣祖康熙10年（1671年），置分巡赣南道，赣州府属之；世宗雍正9年（1731年），改分巡赣南道为分巡吉南赣道，
清末赣州府辖：赣（县治在今江西省赣州市区）、雩都、信丰、兴国、会昌（今江西省会昌县）、安远（县治在今江西省安远县镇岗乡附近）、长宁（今江西省寻乌县）、龙南（今江西省龙南县）共8县；定南（厅治在今定南县老城镇）1散厅。1913年废。