1953年10月26日，民进上海分会南京筹备小组成立，标志着民进南京地方组织的建立。1955年4月召开的第一次会员大会，选举产生了民进南京市分会筹备委员会，1957年3月召开的第二次会员大会选举产生了民进南京市第一届委员会。
在与中国共产党风雨同舟的五十年中，民进南京地方组织在中共南京市委和民进江苏省委的领导下，认真贯彻党的路线、方针和政策，贯彻落实《中共中央关于坚持和完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的意见》，在参政议政、民主监督、自身建设等方面取得了成绩，同时，发挥自身优势，积极开展社会服务活动，在改革开放和经济建设中发挥了重要作用，成为活跃在南京市政治舞台上的一支重要力量。
目前，南京市市属会员1610人，基层组织124个。其中担任各级人大代表、政协委员的有 142 人（次）。广大会员在各自的岗位上努力工作取得了显著的成绩，在参政议政中积极发挥作用，履行了自己的职责。
民进南京市委员会历届主要领导：
吴贻芳主委：1955年4月-1984年10月
章臣桓主委：1984年10月-1990年3月
石尚群主委：1990年3月-2001年12月
朱晓进主委：2001年12月-
现任领导（民进南京市第十届委员会主委、副主委）
主 委：朱晓进
副主委：徐菊英、陈义鑫、赵永兰、卫懋勤、陶琪
第十一届主委：朱晓进
副主委：曹建国、赵永兰、陶琪、吴晓茅、王凌
