南阳市卧龙区人民法院前身是南阳市人民法院，于1948年成立司法科，始建于1951年1月15日。“文革”期间曾一度停止办公实行军管，1973年5月29日恢复正常审判工作。1994年南阳市撤地划市，原南阳市划编为南阳市卧龙区随之改名为南阳市卧龙区人民法院。在编人员199人，其中大专及本科学历的186人，研究生13人。
南阳市卧龙区人民法院内设刑庭、少年案件审判庭、民一庭、民二庭、民三庭、行政庭、审监庭、执行局、法警大队、行政执法大队、立案庭、办公室、政治处、监察室、机关党委、机关服务中心、司法技术鉴定中心等17个职能部门。另设梅溪法庭、靳岗法庭、七里园法庭、蒲山法庭、潦河法庭、安皋法庭等7个中心法庭。