1998年5月，江泽民同志在北京大学百年校庆大会上提出“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”，教育部自1999年起分别与部分省、市地方政府签订合作协议，分批将34所国内知名高校列入国家跨世纪重点建设的高水平大学名单，由国家、地方以及相关部委共同出资建设。列入“985工程”院校的名单如下。
北京
清华大学、北京大学、中国人民大学、北京师范大学北京理工大学中国农业大学 中央民族大学北京航空航天大学
上海
复旦大学上海交通大学同济大学 华东师范大学
天津
南开大学、天津大学
重庆
重庆大学
浙江
浙江大学
江苏
南京大学 东南大学
辽宁
东北大学 大连理工大学
湖南
中南大学国防科技大学湖南大学
四川
四川大学 电子科技大学
吉林
吉林大学
福建
厦门大学
山东
山东大学中国海洋大学
湖北
武汉大学 华中科技大学
陕西
西安交通大学 西北工业大学 西北农林科技大学
广东
中山大学、华南理工大学
安徽
中国科学技术大学
黑龙江
哈尔滨工业大学
甘肃
兰州大学
“985”“优势学科创新平台”高校（24所）
北京科技大学 北京交通大学 北京邮电大学 北京化工大学 中央财经大学 对外经济贸易大学
中国政法大学 华北电力大学 中国矿业大学（北京） 中国矿业大学（徐州）
中国石油大学（北京） 中国石油大学（华东） 中国地质大学（北京） 中国地质大学(武汉)
东北师范大学 上海财经大学 华东理工大学 河海大学 江南大学合肥工业大学
武汉理工大学 华中师范大学 西南交通大学 陕西师范大学
部分高校985优势学科创新平台一览
中国矿业大学“煤炭资源安全开采与洁净利用” 创新平台
中国地质大学 “地球系统过程与矿产资源”优势学科创新平台
中国石油大学“油气资源勘探开发与转化”创新平台”
上海财经大学“经济学”创新平台
中央财经大学“经济学与公共政策”优势学科创新平台
华东理工大学“煤的清洁高效利用与石油化工关键技术”学科创新平台
北京化工大学“绿色化工与材料”优势学科创新平台
北京林业大学“应对全球变化的森林生态系统恢复重建与可持续经营优势学科创新平台”
西南交通大学“轨道交通运输工程优势学科创新平台”
北京交通大学“轨道交通安全科学与技术优势学科创新平台”
河海大学“全球水循环与国家水安全优势学科创新平台”
“优秀学科创新平台”建设项目的主要任务是以国家和行业发展急需的重点领域和重大需求为导向，围绕国家科技发展战略和学科前沿，重点建设一批优势学科创新平台。其建设方式采用“985工程”科技创新平台建设模式，项目建设单位从属于“211工程”建设的学校但不属于“985工程”建设的学校中选择。该“项目”自2006年起至2008年止为启动期。2008年之后，与“985工程”同期执行。
