北京市动物卫生监督所位于海淀区西直门外上园村甲3号，为正处级行政执法机构，隶属于北京市农业局。现有行政执法专项编制60名，全额拨款事业编制3名。其中硕博学历12人，本科31人。内设动物检验检疫科、动物卫生监督科、铁路运输检疫监督科、航空运输检疫监督科、医政药政监督科、畜牧饲料监督科、综合科、办公室、财务科等九个科室。
负责具体实施法律、法规、规章规定应由省级畜牧兽医行政管理部门和动物卫生监督机构承担的执法监督和检疫等职责，负责动物防疫、兽药、种畜禽、饲料等方面大案、要案和跨区域案件的查处工作，参与重大动物疫病的应急处置工作，指导和协调区县相关的执法监督和检疫工作。
北京市动物卫生监督所以构建社会主义和谐社会、坚持科学发展观统领全局为指导，以学习型和谐单位的创建为源动力，秉承"团结、奋进、开拓、创新"工作理念，持续强化"内抓管理、外树形象，科技为本，服务至上"治所方针，紧紧围绕建立"一个模式"（风险风级、量化监督、档案管理）、提升"两个水平"（适当动物卫生保护水平、首都动物卫生监督执法水平）、整合"三种资源"（官方兽医、职业兽医、院企兽医）、健全"四种制度"（官方工作、市场准入、全程追溯、状况评估）、完善"五个体系"（法规标准、技术支撑、屏障保护、信息管理、诚信责任）、搭建首都动物及动物产品无疫安全技术保障平台的总体工作思路，求真务实，勇于进取，为保障首都市场稳定，动物及动物产品无疫安全发挥了重要作用。
