波尔多植物园不象是一个按照物种来分类的植物园，而更象是一个以分类为主题的花园。
植物园占地只有4.7hm2，用地呈长条形，长600m，宽70m。全园分为水花园、生境走廊、耕作田、植物林荫道等几个部分，以此表现生物多样性、自然资源循环利用以及景观活力和变化。
靠近加龙河的是水花元，不规则组合的钢板将水面的一侧分割成形状不一的小水面，里面生长着各种水生植物。水面与不远处的河流相呼应，并倒映着对岸的历史建筑，从而与老城形成了某种视觉上的联系。
水面的另一侧形成了浅浅的沙滩，象征着海路交接处。11个岛状的小花园从这里陆续展开，每一个都代表了这个地区的一种典型生态环境，包括土壤、岩石和植物群落。这里就是“生态走廊”。靠近水面的岛代表了海洋和陆地交接处的生态环境，随着离水面越来越远，他们代表的生态环境也逐渐向陆地过渡。在这些生境岛中，不仅典型的植物群落得到在先，而且，地里岩层的构造、土壤的厚度和种类在立面上都被清晰地表达，各种岩石的不同肌理和不同的风化程度，也都得到逼真地再现。
在“耕作林”部分，高粱、小麦、燕麦、水稻、亚麻、油菜等农作物种植在11块排成6行的小块田地中，每一块都带有自己灌溉用的小型金属储水池。每块田地中的不同农作物的发芽、生长、成熟的变化，是植物园不同季节景观变化的主体，表达了设计者对乡村景观的关注。
“植物林荫道“实际上是攀援植物区。这些植物的分类并不是按照生物进化系统来的，而是按照它们攀援的方式，并据此设计了各异的攀援架，有许多类似现代雕塑，即使没有植物的装饰，也是花园中不错点缀。
温室位于植物园远离加龙河的一端，玻璃温室于5个混凝土蛋壳状构筑物一起，容纳代表3种不同气候带的外来植物以及博物馆、办公室、餐厅等附属设施。
在园中一隅，还有为周围居民自娱自种而设立的社区花园。
植物园长600m地围墙采用了英国风景园中“Ha_Ha”的形式，从园内看，围墙只有80cm高，而园外一侧的壕沟则阻止了夜间可能的翻越者。围墙本身是独特的，它利用了法国在1999年暴风雨中被大量击倒的大树的树干搭建，呈现出粗狂而自然的外貌。
波尔多植物园颠覆了人们头脑中固有的植物园形象，在传播知识的同时提出了新的设计可能性。
