教育科学与管理系重建于2002年。其历史可追溯至民国初期。1918年5月，南京高等师范学校成立教育专修科。1920年，南京高等师范学校在保留文、理等本科的同时，将所有专修科合建成国立东南大学。其中，教育专修科改建为教育系和心理系，创建于1915年12月的全国第一个体育专修科改建为体育系，此3系合组教育科。1927年国民政府成立后，东南大学等9校组建为国立第四中山大学，次年定名国立中央大学。东南大学教育科改建为中央大学教育学院，下设教育系、心理学系、艺术系、体育系等。1938年秋，按照教育部的命令，教育学院更名师范学院，并增设国文、英语、史地、数学、理化、体育、公民教育7系。从南京高等师范学校到中央大学，郭秉文、陶行知、孟宪承、陆志韦、陈鹤琴、 郑晓沧、俞子夷、廖世承、舒新城、艾伟、常导直、潘菽、徐悲鸿、张大千、傅抱石等一大批教育名家曾在此辛勤耕耘，滋兰树蕙。1949年8月，中央大学更名为南京大学，师范学院成为南京大学的七大学院（文、法、师范、理、工、农、医）之一。
南京大学的前身之一金陵大学1912年即创设了师范专科，1914年改建为教育系，下分教育学、心理学、图书馆学3组。1930年，金陵大学形成“三院嵯峨，文理与林农”的格局，教育系隶属于文学院。刘国钧、李小缘、蔡乐生等著名学者长期执教于此。金陵大学是我国电影教育和电化教育事业的发源地：在校长陈裕光、院长魏学仁的支持和倡导下，理学院于1930年成立电影教育委员会；1936年成立电影教育部；1938年创设影音专修科即电化教育专修科；1942年在我国大学中最早出版有关电影和电教事业的综合性刊物《影音》月刊。40年代后期，电化教育专修科主任兼教育电影部主任孙明经首倡以“影音教育”一词替代“电化教育”。金大电化教育专修科遂于1947年4月改称“电影播音专修科”，教育电影部改称“影音部”。
1952 年全国院系调整时，南京大学师范学院独立，与金陵大学等校的相关系科合组成立南京师范学院。
1982年9月，南京大学成立高等教育研究室，1986年升格为系所级建制，次年更名高等教育研究所。经国务院学位委员会批准，自1993年开始招收高等教育学专业硕士研究生。2002年12月30日，在高等教育研究所的基础上成立教育科学与管理系，隶属于公共管理学院。经教育部批准，2004年设立教育技术学（数字媒体与知识工程）本科专业。
教育科学与管理系现设有高等教育研究所、网络化学习与管理研究中心、心理健康研究所，并主办《高教研究与探索》季刊；拥有高等教育学、课程与教学论、教育经济与管理3个硕士点，前2个硕士点授教育学硕士学位，后者授管理学硕士学位。该系现有专职教师和研究人员14名，其中教授6名，国家级教学名师1名，博士生导师2名，半数以上的教师拥有博士学位
