该院占地面积40多亩，科研医疗办公楼建筑面积2万多平方米；现有在职职工144人，其中专业技术人员占80%，高级职称51人， 省厅级拔尖人才及享受国务院特殊津贴16人，国家新药审评委员2人，省新药评审委员1人，省星火计划农业科技110中药材种植专家1名；固定资产2200多万元；下设山东省中医药研究院附属医院、山东省针灸医院两个临床基地，中药化学、中药炮制、中药制剂、中药药理、中药资源开发、动物观察、信息中心、中心实验室、中试基地等多个科室。
山东省中医药研究院是省科技厅一类科研院所，拥有中药制剂、中药药理两个国家级三级实验室及省级医药卫生重点学科，一个省级重点实验室（山东省药物载体工程重点实验室），一个厅级重点实验室（中药质量标准规范化研究重点实验室）及符合国家GMP要求的山东省中药研究开发中试基地。建院以来承担各级计划课题70多项，获奖30余项，承担企业委托科研项目180多项。历史上在中医药研究领域曾取得过辉煌的成就，积累了大量的中医药科研人才和成果，参加了全国大协作课题青蒿素及人工合成麝香酮的研究，青蒿素研究获国家发明奖，省中医药研究所为青蒿素提取工艺专利持有法人；人工合成麝香酮的研究获国家科技进步一等奖；承担的国家重点攻关课题金银花、连翅、水蛭、槟榔等12个中药材品种质量标准研究也获得了国家局科技进步一等奖。到目前，在中药成分提取研究、中药制剂研究、中药质量标准规范化研究、中药品种鉴别及炮制规范化研究、中药药理毒理研究等方面积累了较为丰富的经验。