“江淮名刹”光孝律寺始建于东晋义熙年间，原名万寿寺，后因南宋高宗赵构为超度徽、钦二帝亡灵，诏令该寺摆设道场，敕令改称“报恩光孝寺”。乾隆年间，又改称“报恩光孝律寺”。该寺规模宏大，气势雄伟，最盛时期容纳常住僧人千余人。本世纪30年代光孝律寺创办佛学研究社，现在海外弘法的不少名僧都曾在光孝律寺就学。光孝律寺收藏珍贵文物较多，如收有历代名家墨迹，世称孤本的宋拓“汝帖”；隋唐时代从印度传来的“贝叶经”等。
绍兴三十一年（1161），光孝寺毁于战祸。后经寺僧祖彦、别峰、德范等几代人的努力，复建大殿与一批建筑。殿“为重屋八楹，东西百三十六尺，南北九十六尺，高百一十尺。佛、菩萨、阿罗汉三十一躯。”佛象后陡塑海岛。继任提举常平使韩梃取《华严经》语，书“最吉祥殿”四字为额。又建高阁六楹，用宁宗赵扩在潜邸时书赐光孝寺住持觉深的“碧云”二字为额。方丈室、寝室、厨库、水陆堂及左右庑厢，亦同时建成。庆元六年（1200）四月，陆游（放翁）撰《泰州报恩光孝禅寺最吉祥殿碑》碑文，记其始末。
明崇祯四年（1631），天竺大讲寺（今浙江杭州）僧方志应聘来寺重建殿宇，并请浙江布政司参政邑人刘万春（字延之，号忠孕居士）书“碧云方丈”，上题“宋额”，下署“忠孕居士”，制额改悬于方丈室。此后，正殿（最吉祥殿）成为祝厘道场，地方官司遇有朝贺、庆祝诸大典，相沿于此行礼。
清初康熙乾隆年间，该寺殿宇因年久失修，逐渐衰颓，金陵宝华山慧居寺（今隆昌寺）上座炳一律师，为苏北里下河人，因回乡省亲路过泰州，驻锡光孝，目睹寺宇颓废，住僧寥落，不胜嗟叹。乾隆九年（1744），炳一律师受地方士绅之诚邀而任住持，肩负中兴光孝寺之重任，古刹赖以复兴。因炳师为宝华山律宗传人，宝华为律宗传戒道场，而“改禅为律”，称为“光孝律寺”，并沿习之今。炳一即为光孝律寺一世祖。
炳一徒圆能（俗姓张，兴化人，字西林，别号香雨）27岁时，接任住持，毅然以修复寺宇为己任。乾隆三十九年（1774）修复大殿。和硕恭亲王弘昼书“最吉祥殿”殿额。后又建香雨楼，增建左右长廊。嗣后，观音、地藏、韦驮、天王、山门等殿或修或建，次第告成。圆能徒明慈在碧云阁故址建方丈前后楼，仍以“碧云方丈”为院额，又建斋堂、祖堂，并于方丈院西增构精舍，辟为园苑。圆能徒孙定莲（字焕然，善诗，《海陵诗汇》采其诗作）复于殿东建厅事，专为地方官司祝厘之所。更在厅事后建千华戒坛，专供传戒之用。戒坛高十级，周长七丈八尺，纯以白矾石建成。此种戒坛在江苏境内惟金陵宝华、古林、广陵万寿与海陵光孝各其一，可以想见其规格和质量之高。戒台壁上绘有观音象，为清代泰州雕塑名家吴广裕摹唐吴道子丹青绘成。笔墨楚楚可观，与庸工俗手所为大异（载《吴陵野史》）。当时有竹枝词赞誉“画匠能摹吴道子，溶江衣带亦当风”。千华戒坛前有千华门。上悬“法雨香林”额，下署“礼华居士徐步云”。该寺经圆能等祖孙三代十年左右时间苦心经营，楼殿、僧房、长廊达二百间，寺僧达千余人，四时经声不绝，传戒亦沿为常例，每逢传戒期，求戒僧徒四方云集，千年古刹，名震遐迩。
光孝寺后来又屡毁于兵灾，几经兴废，但寺址一直不变。1949年以后，光孝寺寺僧亦大部离散。主要建筑均被逐浙拆除。千华戒台殿、大雄宝殿、藏经楼、天王殿及庑厢等，材料被移作它用，遗址亦改建厂房。原明代建筑之西板堂因年久而倒塌不存。1984年2月，经江苏省人民政府批准，成立泰州市佛教协会，光孝寺恢复开放，并列为江苏省重点寺庙之一，逐步恢复旧日规模。肇源为光孝寺恢复后住持。1988年至2005年又恢复建山门殿、天王殿、大雄宝殿、藏经楼、常惺、南亭纪念堂。大雄宝殿又称最吉祥殿。赵朴初在最吉祥殿内曾专书楹联一副：
慈光照三界庄严化导芸芸实相是禅行是道
大孝报四恩深深护持恳恳虚空无尽愿无穷。
大殿下檐上是台湾、香港以及美国、菲律宾等海外与光孝寺有因缘的高僧成一、妙然、了中、乘如、浩霖等赠送的巨匾，上书“梵宇重辉”四个雄劲粗壮的金字，表达了他们热爱光孝，支持修复古刹的宿愿得以实现的兴奋心情。
光孝寺名僧代出，法音远播，四众皈依，为一方至道信仰之中心，是万名依法修行之重镇。特别是在上个世纪三十年代初，时任中国佛教会秘书长的常惺法师创办了光孝佛学研究社（即光孝佛学院），历经数年培养了一批批高僧，在中国近现代佛教史以至于在当代海外华人佛教史上，都发生了重要影响。著名高僧南亭、成一、真禅、雪烦、圆湛、妙然、自立、了中等，皆由此走向全国和世界佛坛。
光孝寺又以文物众多而裴声江淮。现存宋朝御赐“汝贴”上下两册，原为是宝华分灯文海和尚的御赐之宝，后赠予清朝光孝律寺一世祖炳一大师。还有南宋著名诗人陆游（放翁）为光孝寺所撰《报恩光孝禅寺最吉祥殿碑记》、元代王振鹏手绘《历代贤后妃故事图》、明代董其昌真金手书《心经》、祝枝山草书长卷以及清代八大山人手绘册页十幅和大清龙藏一部（计7167卷，为1660部经折本）。这些镇山之宝虽历经沧桑，但绝大部分都得以保存下来，时至今天，仍为古刹增光添彩。
光孝寺现任住持弘法大和尚为江苏省佛教协会副会长兼秘书长，已为南山律宗第三十八世光孝堂上第十八代门人。他正励精图治，率领两序大众，重新规划，海陵胜刹碧云香雨门庭将再度辉煌。
