苏加诺对政党斗争基本上是搞政治上平衡政策，但其中主要是依靠印尼共领导的进步力量的支持。1957年2月苏加诺提出的包括成立互助合作政府(即 “纳、沙、贡”政府)和民族委员会(名义上是与政府平行的国家谘询机构)的“苏加诺方案”，就是他上述思想的具体表现。
苏加诺方案中提出的“有领导的民主”，其实质是巩固和加强民族资产阶级的地位，提高“总统的权威”来对付争夺总统职位的右派集团，同时也为了控制和限制印尼共产党的势力的发展。因此，苏加诺方案立刻遭到马斯友美党和印尼社会党等右派政党的反对，同时，地方上的反政府叛乱一直持续不断。
在这种形势下，苏加诺不得不借靠陆军的力量来稳定局势，以巩固自己的地位。1957年3月宣布全国处于战争和紧急状态(即紧急状态法令)。1959年禁止马斯友美党和印尼社会党活动。同年，苏加诺宣布恢复1945年宪法之后，军人在政府中取得了合法的正式的权力。苏加诺任命了七名军官为新的内阁成员，军人在议会中也取得了席位。与此同时，军队利用执行“紧急状态法令”所赋予的权力，派大批军官接管荷兰资本在印尼的企业，并担任了这些企业的经理等职务。1964—1965年，印尼又接管了一部分英国和美国的企业。这些企业同样又被军队所控制。这样，在陆军内部就出现了一个官僚资本家集团。军队在国家经济生活中的地位大大提高了。这些陆军将领对苏加诺所采取的利用和依靠印尼共产党的力量来遏制右派势力的政策，表示强烈不满。
1965年初，印尼共产党开始认识到掌握武装力量的重要性，艾地向苏加诺总统提出把工人和农民武装起来组成“第五兵种”(前四个兵种指陆、海、空军和警察)的建议和军队也实行“纳沙贡化”的要来，这是对陆军右派将领的直接挑战。3月，在印尼共产党的要求下，苏加诺改组了内阁，撤换了内阁中的反共成员。这一切更引起陆军右派军人集团的不满和恐慌。
1965年8月，在美国情报局的操纵下，在陆军中成立了以国防部长纳苏蒂安为首的“将领委员会”，策划政变。9月21日“将领委员会”秘密开会，研究政变后的政府人选问题，他们内定纳苏蒂安为总理，陆军司令雅尼为第一副总理兼国防治安统筹部长，哈尔约诺为外交部长等。他们决定在10月5日建军节，以接受“检阅”为名从爪哇各地调七个营的部队来雅加达，发动军事政变，推翻苏加诺政权，从而消灭印尼共产党。但是这一阴谋计划泄露了，引起军队中爱国进步军官的不满。他们便当机立断，准备先发制人镇压右派将领。这些爱国进步军官有总统警卫团营长翁东中校、雅加达守备区第一旅长拉蒂夫上校、加里曼丹陆军战略后备军第四战斗司令部司令苏帕佐准将，哈林空军基地守备队司令苏约诺空军 少校。他们还决定借助印尼共产党在哈林空军基地受训的约一千名民兵队伍。9 月30日晚，这些爱国军官突然袭击“将领委员会”的七名将领。除纳苏蒂安漏网外，陆军司令雅尼等六名反动将领全部被捕，并立即被处死。与此同时，爱国武装占领了电台和其他要害部门，宣布“革命委员会”成立。但是由于准备不足以及敌我力量悬殊，“革命委员会”只维持了一天。10月1日晚，陆军战略后备队司令苏哈托调动了大量军队进驻雅加达，2日晨又占领了哈林空军基地。3日凌晨，原来支持爱国进步将领革命行动的苏加诺向全国发表广播讲话，说他还活着，号召 “避免武装冲突的一切可能性”、“创造平静气氛”，“寻求政治解决”。并说，关于 “九·三〇事件”的治安和秩序的恢复工作任命苏哈托少将负责。这样，事实上是承认了苏哈托的行动和否定了翁东中校发布的公告。至此，震动国内外的“九· 三〇运动”，在苏哈托军队的镇压下，宣告彻底失败。
“九·三〇运动”失败后，右派军人集团在全国实行白色恐怖，对印尼共产党人和革命群众大肆镇压。印尼共产党中央领导人几乎全部被杀，有二十万以上的共产党人和革命者惨遭杀害，被捕入狱的有三十多万人。接着，在印尼各地又一次掀起反华排华的高潮。
“九·三〇”事件的结果，使印尼共产党遭到极大的损失，使印尼革命又受到一次沉重的打击，它给印尼共产党和印尼人民的教训是非常惨痛的。
1966年9月，印尼共产党中央政治局发表了《自我批评》的文件，对1951年 到1965年爆发“九·三〇事件”期间印尼共产党的活动作了如下结论：从1951 年开始到1965年“九·三〇运动”发生前，印尼共领导犯了右倾机会主义错误；在“九·三〇运动”中则犯了“左”倾冒险主义错误；而在“九·三〇运动”失败后又犯了右倾机会主义路线错误。
“九·三〇运动”被镇压后，印尼建立了以苏哈托为首的军人政权。他们一方面继续肃清印尼共产党和其他进步势力；另一方面很快就把政府工作重心转向经济建设。他们把许多国营企业改为私有企业，取消原来对资本主义企业的一些限制，大力促进私人经济的发展。在生产方面，狠抓稻米生产和能源及其他资源的开发。对外实行开放政策，大力争取外援，吸收外资，引进先进技术。以美国为首的“援助印尼国际财团”提供了大量援助，仅1976—1983年向印尼提供的援助，就高达209亿美元。1969一1981年，印尼国民生产总值年平均增长率都在 7一10％之间，粮食已基本自给，石油大量出口，人均国民收入由1965年的90 美元增加到1982年的580美元。这些经济上的成就，促进了国内政局的稳定。虽然，在苏哈托统治的印尼，还存在着很多矛盾和困难。如阶级矛盾、政党矛盾，以及统治集团内部的矛盾。但是这些矛盾总的来说还没有发展到十分尖锐的地步.
