哈尔滨工程大学校大学生科技协会是校团委直属的校级学生组织。校科协以“活跃大学生科技学术氛围，增强科技创新意识，提高科技实践能力，培养科技创新人才”为指导思想，广泛深入地开展具有学术性、知识性、创新性、实践性的课外学术科技活动。协会下设科研立项部、科技竞赛部、五四策划部、宣传部、新闻部、网络部、外联部和秘书部八个部门。主要负责协助校团委组织参加国家级、省级各类科技竞赛及创业计划竞赛；负责开展校“五四杯”系列学术科技竞赛和校级各类各学科竞赛；负责学生科研立项、调研立项工作；负责学生科技创新成果的整理、归档及专利申请等。
2009年底，校大学生科技协会走过了十年的风雨。回想，它脚踏实地，一步一个脚印，用自己的辛勤汗水换来了更多的同学知晓、参与学生课外科技创新活动。从最初的几人到十八人，再到现在，拥有上近百人的学生组织。在校园里，它是这样一支有梦想、有活力的队伍，这支队伍汇集了全校最优秀的一批学生干部，他们总结前人的宝贵经验，并不断推出创新理念。
校科协注重打造团队文化建设，与时俱进，不断推陈出新。目前，创立了多个包括“科创沙龙”、“科创吉尼斯”、“科创在线”网站等校园品牌，力求打造哈尔滨工程大学校园科技创新园地，为在校大学生提供更高质量、信息更全面的服务平台。
现任主席团成员如下：
主席：王欣
副主席：马也、权玥、刘春罡、王野
