漠河水运口岸是1989年4月经中国国务院批准对外开放的国家一类口岸，1990年3月经中苏两国政府换文确认为国际客货运输口岸，1993年9月正式开通使用。
该口岸港口位于黑龙江省西北边陲漠河县，为中国最北端的口岸。同俄罗斯阿穆尔州斯科沃罗丁诺区对应口岸加林达隔江相望，相距只有1.5公里。加林达为连接西伯利亚大铁路和贝阿大铁路的小贝阿干线的终点站，距离阿穆尔州第二大城市腾达市300公里。该处江段水流充沛，可停靠千吨级货轮。
漠河口岸建有近万平方米查验单位办公、业务、生活用房及查验设施。明水期开展水上船舶运输，由此下行可达黑龙江沿岸港口，冰封期开展冰上汽车运输，有三级公路同黑漠公路相接。口岸距漠河县城西林吉火车站183公里，距最近的长缨火车站100公里。
