佳木斯水运口岸是1989年7月经中国国务院批准对外开放，并经中苏两国政府确认开通使用的国家一类口岸。1991年10月开通了国际客运航线。
港口地处佳木斯市市区，位于松花江中下游南岸，是黑龙江、松花江、乌苏里江三江水陆换装枢纽港。年航行期在210天左右，为季节性生产港口。码头岸线总长2200米，均是直立式岸壁，有煤炭、木材、燃油、粮食、砂石、杂货等千吨级泊位22个，年吞吐能力为260万吨。从1992年5月开始，佳木斯港又开始动工兴建占地6万平方米的杏林河口外贸专用码头。一期工程于1994年年底竣工，建成直立式岸壁320米，5个千吨级泊位，年吞吐量可达60万吨。口岸建有查验办公、生活及业务用房2万多平方米。
该口岸的国际航行船舶，沿松花江上行可达哈尔滨，下行可达富锦、同江。进入黑龙江后可直达俄罗斯的下列宁斯阔耶、哈巴罗夫斯克、共青城等开放港口。根据中俄两国协议，中方船舶可经俄罗斯的尼古拉耶夫斯克港出海，再经鞑靼海峡进入日本海，开展国际江海联运业务。