学院规模福建省农业科学院现设有13个研究所，即：稻麦、果树、甘蔗、茶叶、植物保护、土壤肥料、畜牧兽医、耕作轮作、地热农业利用、农业科技情报研究所和红萍研究中心、生物技术研究中心、中心化验室。在职职工1065人，离退休人员540多人。在职人员有高级科技人员185名、中级科技人员264名，国家级专家4名，省级专家11名。享受国务院特殊津贴67人。现有博士12人，正在攻读博士学位22人。
科研方向全院以应用研究和开发研究为主，适当开展应用基础研究。在作物育种、畜牧及畜禽饲料、生物农药、植物保护、台湾农业等研究领域具有较强科技力量，水稻育种、红萍、柑桔黄龙病等研究居国际领先水平，设有国家龙眼批把资源圃和省农业遗传工程重点开放实验室。植保所是全国农业科研百强研究所。目前全院承担国家863高科技攻关、国家基金和部省级重点课题等各类课题100多项。
沿革发展改革开放以来，该院共取得国家、部省级奖励256项，其中省部级二等奖以上重大成果40多项，为农业生产源源不断提供优良品种和配套的先进技术，为全省农业结构调整提供了有力的科技支撑。
续18年组织全省水稻育种攻关。使福建省在水稻抗瘟育种和超高产育种方面独具特色，居国内领先水平。18年来攻关组共育出69个水稻品种（组合），获国家、部、省科技进步成果奖33项。选育的新品种（组合）覆盖全省水稻生产面积的85%以上，在省内累计推广近2亿亩，增产稻谷405万吨，创社会效益40.5亿元，为本省和南方稻区提供了大量抗病高产新品种（组合）。一批较突出的品种和组合如汕优63、特优63、威优77、满仓515、119、泉农3号等在我国南方籼稻区大面积推广，占据全国杂交稻组合推广面积的40%。“汕优63” 在全国16个省市大面积推广，平均每年种植7000万亩左右，已在全国累计推广近10亿亩，增产670多亿公斤，增收670多亿元，至今仍是全国种植面积最大的水稻良种。
九十年代以来，全省水稻育种攻关组开展了超级稻、二系稻、抗虫转基因水稻等优质水稻良种的选育与推广，取得突出成效。超级稻育种取得突破性进展，选育的新组合“特优175”、“Ⅱ优明86”，2001年最高亩产分别达1185.5公斤和1196 .5 公斤，二度创水稻单产世界新纪录（印度1974年创造）。“汕优明86”在本省尤溪百亩连片种植，头季平均亩产851公斤，再生季最高亩产干谷581.1公斤，创再生季世界单产记录。抗虫转基因水稻选育项目，已成功地培育出多个抗虫转基因水稻品系；建立了初具规模的水稻抗虫转基因体系；建立了与转基因相配套的水稻育种体系；率先开展了转基因水稻去除选择标记，克服基因沉默，转双价抗虫基因的研究工作。已成为目前国内规模大、进展最快、与育种研究结合最紧的项目。2001年8月，国家高技术发展计划（863计划）专家组对该项目的研究工作给予高度评价，称该项目的研究工作“总体上达到国际先进水平，部分内容属国际领先。”已列入国家科技部组织的“转基因植物研究与产业化开发专项计划”。国家863计划项目二系稻育种配制的两优2163、两优2186组合是当前晚稻中优质与高产结合最好的杂交稻组合，解决了优质与高产的矛盾，2001年在各地推广近80万亩。
优良成果正是由于水稻育种创新的支撑，改变了福建省过去水稻品种南靠广东、北靠浙江的被动局面，全省水稻品种基本实现每3—5年更换一次，水稻单产每5年增产5%，虽然全省水稻种植面积从1990年开始平均每年减少31.8万亩（5年减少7%），但总产仍能维持在700万吨以上，从而为我省经济作物调高调大调优奠定了良好的基础。亚热带特色水果育种成效亚热带特色水果育种成效突出。福建省枇杷的生产总量占世界的三分之一，龙眼生产位于全国前列。这两种水果都是原产我国的名优特色水果，也是我国加入WTO后较具竞争优势的水果。该院选育的“早钟6号”枇杷新品种，表现特早熟、大果型、优质、丰产，是我国第一个通过有性杂交途径培育出的枇杷新品种，具有国际领先水平。目前已推广11万亩以上，其中我省已种植8万多亩，占全省枇杷总面积的1/3，创社会经济效益亿元以上。2000年获省科技进步一等奖。我省地处南亚热带北缘，龙眼成熟期全球最晚，发展晚熟龙眼具有区位优势。我院培育的龙眼新品种“立冬本”，是目前国内最晚熟的龙眼新品种，居国内领先水平。在我省种植该品种可最大限度发挥我省的区位与品种优势，改善福建省龙眼品种结构，延长龙眼上市供应期，增强我国龙眼的国际竞争力。
1995年到1999年，在全国几次出现卖果难的不利条件下，福建省水果面积不降反升，其中龙眼、荔枝、枇杷面积增加3.4万公顷。这三大名果在关键时刻确保了福建山地果树开发的持续发展。而在新植枇杷面积中，该院选育推广的新品种“太城4号”、“森尾早生”、“长红6号”以及“早钟6号”占了90%以上。在龙眼品种中，该院选育的 “立冬本”以及大果形、优质新品种“青壳宝圆”，晚熟、丰产新品种“松风本”等，占全省新植面积的60%。生物农药生物农药促进了农业可持续发展。研制的最新生物制剂“高效生物杀虫剂BtA”，杀虫谱广、杀虫速率高、杀虫效果与化学农药相近，使用成本比化学农药低，已经在全省茶、蔬、果，稻上累计推广示范80万亩次，解决茶叶、蔬菜农药残留问题，使茶叶产品合格率从过去的28％提高到98％，使福州市无公害蔬菜面积增加5％，目前全省万亩以上的绿色蔬菜基地有70％使用该产品，经济、生态、社会效益均十分显著。2001年先后在全国19个省推广应用605万亩（次），创经济效益9000万元。动物饲养以及疫病防治动物饲养以及疫病防治技术和疫苗研制效益显著。动物饲料科学配方及产业化进展成效明显，已组建跨地区的饲料集团。在国内首先发现并分离到伪狂犬病病毒，研制成功伪狂犬病灭能苗和弱毒疫苗；在国内首先研制成功禽霍乱亚单位疫苗，解决了禽霍乱常规疫苗的毒、副作用和严重影响蛋禽产蛋率问题；在世界上率先发现并分离番鸭细小病毒，研制成功番鸭细小病毒病快速诊断试剂和活疫苗，已有4.2亿多羽雏番鸭免疫注射该疫苗，保护率达到95%以上。番鸭细小病毒病活疫苗和诊断试剂2000年获国家一类新兽药证书，是由我国首创、具有自主知识产权的产品，也是建国以来福建省包括人药、兽药唯一获得的两项国家一类新药证书，成果居国内外同类研究领先水平，2001年获福建省科技进步一等奖。成功地应用单克隆抗体建立了多种病毒快速检测方法，准确率95%以上。以上成果和技术已在全国九个省、市应用，年创社会经济效益2亿元。鱼类核酸疫苗研究鱼类核酸疫苗研究取得可喜进展。我国水产养殖仍以化学药物治疗为主，化学药物的滥用不仅可使致病原产生产耐药性，同时，药物残留还严重危害消费者的健康。为了水产业的可持续发展，该院鱼病中心与美国康奈尔大学、佐治亚大学合作，对鱼类疫苗展开了深入的研究，除了研制常规疫苗外，还构建了小瓜虫核酸疫苗和含嗜水单胞菌保护性抗原的表达质粒，已进入免疫实验阶段，核酸疫苗的成功运用，将有效减少化学药品的使用，降低药物残留，实现水产的健康养殖。捕食螨工厂化捕食螨工厂化生产正在推广。我院经过长期摸索与分析，从农业螨类分类、生物学特性及害螨综合治理开始，现已成功地研究出捕食螨人工饲料配方，解决了长期困扰我国“捕食螨工厂化生产的学科发展难题”，饲养方法与技术接近国际同类研究水平，形成测试→生产→包装→贮存→释放应用生产线，建成我国第一个年生产能力达50亿只捕食螨工厂化生产基地。在全国20多个县市推广30多万亩次，在蔬菜、瓜果、柑桔、毛竹、茶叶上应用，平均控制害螨效果89.6%-92.7%，1998年、2000年分别获省科技进步三等奖、一等奖。2001年被国家科技部列入《2001-2005年国家科技成果重点推广计划指南项目》，被省科技厅列入重大推广项目和支援新疆建设项目。乌龙茶育种乌龙茶育种居国内先进水平。茶叶是福建省传统出口创汇大宗商品，也山区（山地占土地总面积的80%以上）人民脱贫致富奔小康、地方财政收入的主导产业之一，维系着福建三分之一的农民的生计。当前，存在着急待解决的问题，如主栽品种退化、品种结构不合理；茶园土壤衰退，部分茶叶农残超标；中低档茶多而滞销，符合出口的有机茶货源紧缺等。我院历经近20年努力，收集保存了800多个品种资源，4000多份茶种质。为乌龙茶品种资源收集保存与利和研究中心。先后育成了“丹桂、九龙袍、黄观音”等3个国优良种、9个省级良种。茶树资源“金牡丹”、“黄玖瑰”被农业部评为2001年农作物壹级种质。还有10余个高香优质乌龙茶新品（株）系正在或即将进入省级品比与区试。茶树主要病虫害测报及生物防治技术也正在全省推广。食药用菌栽培技术食药用菌栽培技术促进了我省食用菌生产上台阶。1988年首次从日本引进灵芝栽培种，研究出“赤芝6号”，建立了灵芝优质高产栽培模式，通过良种和技术配套，在全省建立多个珍稀食药用菌应用推广基地，推广覆盖面达 70％以上，使福建成为全国最大的灵芝生产出口基地。1992年又首次引进姬松茸新菌种，建立了一套规范化的姬松茸商品化栽培技术，使姬松茸栽培成为我省食用菌业新的增长点，也使我省成为全国最大的姬松茸商品化生产和出口基地。近年来开展了“珍稀食药用菌工厂化栽培和产期调控技术”以及姬松茸低铬品种选育及无公害栽培技术研究，收集、培育可供工厂化栽培的杏鲍菇、纯白金针菇、白灵菇、姬松茸、灰树花等多个食药用菌菌种；进行了可调控设施栽培基地建设，研究提出菌株工厂化栽培条件及技术，可为食用菌生产带来高产、优质、高效的综合效益。如金针菇工厂化生产，单位面积生产量是传统金针菇生产方式的50倍，作业人员的实物劳动生产量是普通农户手工种植的20倍。通过该项目的应用推广有利于推动我省食用菌工厂化栽培，保持我省食用菌大省的地位，并使我省食用菌栽培技术上一个新的台阶。绿色食品技术绿色食品技术研究迈出新步伐。为贯彻落实省政府提出要解决“餐桌污染”的要求，满足人们生活水平的提高对食物的安全、食疗保健的迫切需要，我院加强了绿色技术的研究工作，尤其在生防、生态农业技术研究方面，研制出青枯病生物杀剂Anti8098等生物农药，应用效果良好。进行生物防治作物病虫害研究取得成效。绿色食品蔬菜关键生产技术研究开展菜田生态系统中有益与有害生物种群结构、动态平衡研究，提出绿色食品蔬菜病虫害防治技术控制有害物质含量。生态农业技术研究取得明显社会经济效益。2001年进行了丘陵山地生态果园模式与红壤综合保育技术研究，从单一的红壤生态果园的生态保护及草畜利用到侵蚀荒山的生态恢复、经济绿肥与观光生态农业多种模式。拓展筛选出适应山地红壤种植的园月决明品系等生态牧草，加工草粉配合饲料养肉牛，降低饲养成本10～20%，种植三年减少水土流失60～70%、土壤肥力提高30～50%，取得经济和社会效益的统一。此外还开展了“畜牧场污水治理及高效综合利用”、“药用菌工程发酵茶的研制和药性药效”等研究工作，取得较好进展。
