在台南县西北面靠海的北门乡，亦有一座代天府，称“南鲲鯓代天府”，又称“五府王爷庙”，祀奉李、池、吴、朱、范五姓鸣凤亭和舞龙亭。整个庙宇由代天府、中军府和城隍衙三部分组成。全庙采用大陆运来的石材所建，庙内雕梁画栋，富丽堂皇，被定为台湾省二级古迹。大殿后南有花木扶疏、景致优美的鲲园，是进香游客休憩之地。
台南县北门乡鲲江村海边的三角洲，形如大鱼，被称为南鲲鯓。这里有座台湾最古老、香火最旺的王爷庙———南鲲鯓代天府。在台湾的庙宇中，王爷庙最多，全台有近千座，都以南鲲鯓的代天府中的5位王爷为精神领袖，因此南鲲鯓代天府也被奉为全台的王爷总庙。
台湾的王爷信仰来之于福建。古时，福建沿海“放王船”风俗盛行。当瘟疫流行时，为了让当地的人祈安求福，就要建王醮，把乘载王爷的王船送到大海，让疫病和王船一并带走。一些王船躲过海浪的吞噬，漂到台湾。由于台湾在开发之前，为瘴疠之地，当时的医药尚未发达，瘟疫一起，常常死亡无数，人心惶惶，谈瘟变色。因此，台湾百姓接到大陆漂过来的王船之后，便在那个地方捐款盖庙，台湾的王爷庙也就一座座地出现了。漂来的王船大都存放于庙内或庙旁，或为祭祀的对象，或另造小模型，供奉在神桌上膜拜。
南鲲鯓代天府建于公元1661年，已有300多年的历史。传说300多年前，台南麻豆渔夫杨世乡发现了从大陆漂过来的王船，船上神像是李、池、吴、朱、范5位王爷，于是在南鲲鯓附近盖一草寮供奉。据说很灵验，远近逐渐闻名，香火也就兴旺起来。后筹资建庙，逐步扩大到如今这个规模。而原来的瘟疫邪神，也演变成驱瘟防疫的正神，甚至更进一步成了有求必应的万能神。传说5位王爷为玉帝所敕封，主要任务是稽察人间善恶，所以叫做“代天巡狩”，所驻王府也就叫做“代天府”。
如今的南鲲鯓代天府占地约为19公顷，宫殿式建筑，精巧壮观。映入眼帘的山门巍峨壮丽，两边是长长的回廊，顶上绘有精美的图案，深邃的长度，给人柳暗花明的感觉。正门庙额上刻有“南鲲鯓代天府”的旨牌，两边有双龙护塔，运笔苍劲，雕技精湛。在三川门的左右分别设有龙门和虎门，在龙虎门后面则各有一个六角形楼，左为龙钟楼，右为虎鼓楼。凡是进香团或是贵宾入庙，就会钟鼓齐鸣，以示敬迎。三川门和龙虎门的台阶皆为三级，两侧各作五圈螺旋形，就好像是打开的卷书，所以也叫卷书阶。搭配丁字纹的红砖铺面，取其“人丁旺盛”之意。
代天府门楣的石楣、石壁、石窗、石堵等全都是由祖国大陆运来的青斗石、白石雕刻而成。每柱、壁、窗等均雕有中国古代故事人物或禽兽花木。三川殿前一对八角形龙柱，苍劲浑厚，为南鲲鯓精神标志。左右两殿墙堵上，保留清代进士郑板桥的石雕竹书，相当珍贵。
代天府的屋脊为歇山重檐顶，上面刻有凤凰飞龙及各种植物造形、诸神仙传说等，活灵活现，富丽堂皇。从上鸟瞰南鲲鯓代天府的庙顶，只见层层叠叠，组合丰富，脊线转折变化精巧细致，给人五彩缤纷、豪华富丽感觉。而拜殿藻井上的屋顶作八角状，形如轿顶，俗称“轿式屋顶”，造形独特，成为该庙特有的建筑景观。
整个庙分为前殿后院。庙的前殿由三部分组成。以中间的代天府为主，放着5位王爷的神像，顶上悬挂着“代天行道”的横匾，布置庄严。右边是中军府，左边是城隍衙。正殿中央有一八角藻井，出自名家之手。它是由无数小块香木榫接而成，向中心逐层嵌叠，汇集于最高点。按照周易六十四卦三百八十四爻，配合一年四季十二月廿四节气与七十二候所形成的卦候图而来的。整体结构奇巧，拼叠紧密，造形富丽精美，如同一幅蜘蛛结网的图案，是该庙的宝贵文物之一。后来由台湾师傅雕刻的渔、樵、耕、读四木雕，也是非常难得的艺术精品。
代天府的后殿，是供奉观世音菩萨的青山寺。木制的门额上雕有双龙抢珠，两旁各雕有一只螭虎，姿态悠雅闲逸。
在正殿后墙、青山寺正对面的墙壁，是台湾惟一用珊瑚礁石砌成的墙壁，并做金钱图案，被称为金钱壁。金钱作九五排列，枚枚相叠，块块相扣，几乎看不到叠痕与缝隙。构图优美，意寓招财纳福。
