二级分支机构指不具有独立法人资格的下属机构，如分公司、经营部等，这些二级分支机构虽然不具有独立法人资格，但是往往有相对独立的经营范围或资格，而且会有独立的税务登记。
要注意“二级分支机构”“子公司”与的区别。子公司也属于总公司的“下级”，在管理上可能与分公司（二级分支机构）一样受总公司指导，但它不是二级分支机构，因为子公司是独立法人，独立承担民事责任。
国税函[2009]221号文件规定；二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。
文件要求，总机构应及时将所属二级分支机构名单报送总机构所在地主管税务机关，并向其所属二级分支机构及时出具有效证明，二级分支机构在办理税务登记时应向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（复印件）和总机构出具的二级分支机构的有效证明。