科学计算与计算机应用系成立于1993年。1979年，随着科学计算和计算机科学与技术的发展，为适应信息时代的要求和学科发展的需要，计算数学研究室和软件教研室由数学系分离出来，成立了计算机科学系。随后经过多年的发展，科学计算与计算机应用系于1993年从计算机科学系分离出来，独立建系。
目前，科学计算与计算机应用系拥有信息科学、计算科学、计算机应用三个教研室，以及科学计算与计算机应用研究所。本科专业有《信息与计算科学》，研究生专业有《计算数学》和《信息计算科学》。其中，本科专业《信息与计算科学》于2001年被评为广东省高等学校首批IT类名牌专业，研究生专业《计算数学》是全国同类学科中第一批获得硕士点（1978年）和博士点（1984年）的单位，《信息计算科学》是2003年新增的硕士点和博士点，《计算数学》学科于2003年被评为广东省重点学科。此外，相关一级学科数学是博士点授予权单位，拥有博士后流动站。 本学科于1997年和2002年主办了两届广州计算科学国际会议，每届均有来自五大洲的13、14个国家和地区的专家学者出席会议，产生良好的国际学术影响。
科学计算与计算机应用系师资队伍优良，教学和科研成果显著，有鲜明的办学特色，人才培养质量好，学生就业率高。历届学生中已涌现出一批知名的学者、企业家和社会活动家。
科学计算与计算机应用系还拥有网络教育《计算机科学与技术》专业
（本、专科），成人教育《信息与计算科学》、《软件工程》、《计算机应用》（本、专科）等专业。
