中山大学计算机应用研究所，始建于1999年7月。所内建有博士、硕士研究生培养点，并以研究所为依托建有无线计算机技术实验室、图像处理和CAD实验室和理论基础实验室、信息安全实验室等多个研究室。
自建立以来，计算机应用研究所通过技术转让形式与多家国内外著名企业建立合作关系，研制和开发计算机网络、数据库系统、办公自动化系统、服装纺织业CAD/CAM等系统。并且实现了组织与管理机构的一体化。2000年12月，以研究所为主体的项目组研究的“计算机辅助服装设计与纺织服装业信息化集成系统”获国家教育部颁发“中国高校科技进步奖一等奖”。目前研究所既承担了创新技术发展研究和新产品的研制开发，也承担了相当部分基础研究工作，形成了从基础研究、成果转化到销售服务的一条龙体制，为高科技成果转化为现实生产力，以及产学研的有机结合创出了一条成功之路。
随着一批重大项目的成功实施，研究所从项目的可行性研究、用户需求分析、设计，一直到编程、测试、维护，都有明确的方法和规范，制定标准的技术文档，并有专门的管理小组对所有的项目进行监督和管理。
21世纪，研究所计划加强基础研究，搞好对外开放和学术交流，用5至10年时间建设成为世界一流的计算机应用研究所。
