寺座西向东,占地面积约4820平方米。平面呈方形,外有围墙环绕,东西长98米,南北宽48米。寺内主殿为被称为噶哇久尼的大佛殿,寺内正中有九层高,达28米的碉楼,楼顶用金顶,另有僧舍等建筑。一、二层为地下室及储藏室;三、四、五、六、七层为原来的建筑,八、九层是公元。杜康大殿位于古堡西侧,传为公元。。另寺中还珍藏有大量吐蕃时期手写经书和米拉日巴静修时戴在头顶上“多供”——石制酥油灯。五世达赖时,噶厦政府规定对该寺每一绕迥进行一次维修。公元1944年桑珠寺的活佛主持了该寺最后一次维修。这次维修以后,色喀古托寺开始了以格鲁派教法为主的佛事活动。