马鞍山出入境检验检疫局于1999年11月25日挂牌成立，由原马鞍山进出口商品检验局、进出境动植物检疫局、国境卫生检疫局合并组建而成。马鞍山出入境检验检疫局是安徽出入境检验检疫局设在马鞍山市的正处级直属分支机构，隶属于国家质量监督检验检疫总局。
负责全市进出口商品检验、进出境动植物检疫、出入境卫生检疫、鉴定、认证和监督管理的行政执法工作。目前，马鞍山出入境检验检疫局承担着全市进出口企业的进出口商品检验检疫监管任务，主要检验检疫的进出口产品有金属材料、钢铁产品、机电、轻工、纺织服装、化工、矿产、食品添加剂和动植物产品等。