福建省环境保护局的根本职能是，依法对全省环境保护工作实施统一监督管理，对辖区内的环保工作实行统一规划、统一监测、统一标准、统一法规、统一发布信息，强化宏观调控和执法监管力度，确保全省环境安全。
主要职责：一、贯彻执行国家环境保护的方针、政策、法律法规，组织拟定我省环境保护政策、法规和规章，并负责颁布后的执行，依法对全省环境保护工作实施统一监督管理。受政府委托对省内重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评估。
二、拟订我省环境保护规划和计划，参与制定我省可持续发展纲要、经济和社会发展中长期规划计划；组织拟定和监督实施我省重点区域、重点流域污染防治规划和生态保护规划。审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编报全省环境质量报告书；发布全省环境状况公报；定期发布重点城市和流域环境质量状况。
三、负责对我省大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治法规和规章的组织实施，指导、协调和监督海洋环境保护工作。
四、监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；向省政府提出新建的各类自然保护区审批或报批建议；监督管理国家级和省级自然保护区。
五、指导和协调解决省内部门或地域间的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；处理涉及省外环境污染纠纷；组织和协调省重点流域水污染防治工作；负责环境监理和环境保护行政稽查；组织开展全省环境保护执法检查活动。
六、贯彻执行各项环境管理制度；按国家规定审定开发建设活动环境影响报告书（表）；指导城乡环境综合整治；农村生态环境保护；指导我省生态示范区建设和生态农业建设。
七、组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术示范工程；管理全省环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展；监督实施环境保护国家标准、地方标准和环境保护行业标准，组织拟定国家未作规定的环境保护地方标准，并监督实施。
八、负责环境监测、统计、信息工作；制定环境监测制度和规范并监督执行；组织建设和管理我省环境监测网和环境信息网；组织对全省环境监测和污染源监督性监测；指导环境监测站的计量认证和质量保证工作。
九、承担对外环境保护科技协作和交流工作，负责申请、审核对外环境保护协作项目，引进资金技术。
十、指导和协调省内环境保护宣传教育工作；协同有关部门在大、中、小学和成人教育、培训中开展环境教育和社会环境宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。
十一、管理本局及直属单位机构编制建设以及人事工作；指导全省环境保护队伍建设，规划与组织指导全省环境保护系统在职人员岗位培训和继续教育；落实地（市）环保局领导干部协管职责。
十二、组织全省国际环境保护公约的履行活动，管理省内有关的环境保护国际合作项目和利用外资项目。
十三、协调各相关部门齐抓共管我省环境保护工作，承办原环委会的具体工作和上级交办的其他事项。
十四、承办省政府交办的其他事项。
