2000年8月，瑞安市实行疾病预防控制和卫生监督体系改革， 市卫生防疫站一分为二， 建立瑞安市疾病预防控制中心。2003年8月，瑞安市疾病预防控制中心实验室通过浙江省实验室计量认证，2005年建成艾滋病初筛实验室，2006年5月通过职业卫生健康检查资质认证。
瑞安市疾病预防控制中心是在瑞安市卫生局领导下，具体实施政府疾病预防控制职能的全民事业单位，主要职责有：负责全市疾病预防控制技术对策措施的指导及实施；参与危害公共卫生中毒、重大疫情和突发事件的调查处理，承担救灾防病工作；疾病监测、流行病学调查；疫苗使用管理、消毒、杀虫、灭鼠技术指导和效果检测评价；职业卫生有害因素监测、调查、控制和卫生学评价；指导开展健康教育、健康促进等工作。
瑞安市疾病预防控制中心成立以来，在有关部门和社会各界的关心和支持下，经过多年的不懈努力，在疾病预防控制工作方面取得了不斐的成绩。特别是在2003年抗击“非典”以及近几年来急性肠道传染病、麻疹、手足口病、流感等传染病暴发流行疫情的防制中发挥着重要的作用。先后荣获温州市“公共卫生工作先进单位”；瑞安市“文明单位”、“卫生工作先进单位”、“公共卫生管理先进单位”、“健康教育先进单位”等荣誉称号。
2008年9月市疾病预防控制中心整体迁入位于瑞安市瑞湖路333号的公共卫生中心，拥有办公面积4000多平方米， 实验区面积2500多平方米。优美的环境和齐全的配套设施为疾病预防控制事业的发展提供了良好的空间。按照疾病防控“重心下沉、关口前移”的要求，将以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入学习实践科学发展观，全面推行疾控机构绩效评估考核工作，强化责任意识，创新运行机制，规范科学管理，完善疾控体系内涵建设；突出重大传染病防控、突发公共卫生应急、慢性非传染病监测、艾滋病防治干预、免疫预防等重点任务，切实提高疾控机构核心能力建设，促进疾控工作可持续发展，为人民群众的身体健康和预防保健发挥重要作用，努力提高群众对疾病预防控制和公共卫生服务的满意度。
