2006年3月起任菲律宾自由党副主席，2007年5月，贝尼尼奥·阿基诺在菲律宾国会中期选举中当选参议员。2010年5月10日，菲律宾举行总统选举。6月9日，菲律宾国会参众两院召开联席会议，宣布自由党候选人贝尼尼奥·阿基诺以高票当选菲律宾第15任总统。
贝尼尼奥·阿基诺1998年步入政坛，当选菲律宾国会众议员，2001年和2004年成功连任。
贝尼尼奥·阿基诺曾在众议院多个委员会任过职，如公共秩序和安全委员会、运输和通讯委员会、农业委员会、自然资源委员会、银行和金融中介机构委员会等。2004年11月至2006年2月，阿基诺三世任众议院副议长。
2007年5月，贝尼尼奥·阿基诺在菲律宾国会中期选举中当选参议员。
在自由党内，贝尼尼奥·阿基诺1999年至2002年任秘书长，2002年至2004年任吕宋自由党副总裁，2004年至2006年任秘书长，2006年3月起任副主席。
贝尼尼奥·阿基诺认为，在菲律宾，腐败是贫穷和民众对政府缺乏信任的主要原因。他承诺，自己当选总统后将致力于打击腐败、消除贫困、提振经济、促进就业、改善教育和医疗水平等。
2010年5月10日，菲律宾举行总统选举。5月11日，菲律宾选举委员会发布的总统选举投票最新统计结果显示，贝尼尼奥·阿基诺获得1223万张选票，比排名第二的前总统埃斯特拉达得票高出448万票，后者获得775万张选票，贝尼尼奥·阿基诺获胜已成定局。
6月9日，菲律宾国会参众两院召开联席会议，宣布自由党候选人贝尼尼奥·阿基诺以高票当选菲律宾第15统。根据最终统计结果，贝尼尼奥·阿基诺共赢得1520票，比其主要竞争对手、前总统约瑟夫·埃斯特拉达的得票多出570多万张。
菲律宾为总统制内阁，总统是国家政府首脑。５０岁的贝尼尼诺于2010年6月３０日正式接替阿罗约担任总统。
2021年6月24日逝世。