地理位置南京龙潭保税物流中心在南京市最东部，长江南京段最下游，紧临长江规模最大的集装箱港区——龙潭港。
位于南京、镇江、扬州三个城市的中心区域，是南京、苏北、安徽物资进出必经之路，同时可辐射长江沿线的江西、湖北、湖南、重庆、四川及宁西铁路沿线的河南、陕西、甘肃等省份。
南京四大经济技术开发区距龙潭保税物流中心最远45公里左右，最近15公里左右。
区位交通南京龙潭保税物流中心集水、公、铁等运输方式于一体，能实现多种运输方式的便捷转换，保证产品及时、高效地衔接国内、国际市场。
水路：距中心约500米的龙潭集装箱港区，是长江规模最大、现代化程度最高的专用集装箱港区，是南京地区国际集装箱进出口的唯一通道。龙潭港区已建成的集装箱码头，岸线长910米，年吞吐能力52万标箱，实际生产能力可达100万标箱，在未来的建设规划中，集装箱能力年吞吐能力可达200万标箱。南京港作为上海国际航运中心的北翼，将抓住洋山港建设的机遇，构筑辐射长江中上游的国际集装箱网络，辟有直达日本、韩国、香港、中东4条国际班轮航线，并有密集的内支线与上海无缝衔接，可到达全球175个国家和地区，是长江流域目前集装箱班轮航线最为密集的港口，保证产品及时、高效地衔接国际市场。
由于受长江航道及长江大桥净高的双重制约，龙潭港区现已成为南京周边地区及长江中上游地区外贸物资进出口的门户口岸，是长江最大的综合性外贸港口，枯水期最枯水深-11米，3.5万吨级海轮可常年靠泊，年吞吐能力超亿吨。2010年长江黄金水道整治完成后，龙潭港区5万吨级海轮可常年靠泊，10万吨级海轮可候潮进港。
公路：中心形成“两纵三横”对外公路交通网络。“两纵”：城市二环、三环。“三横”：沿江快速货运通道、312国道及沪宁高速（距离500米）。
铁路：华东地区最大的尧化门铁路编组站位于距中心约3000米，目前计划升等改造为二级站，作为全国15个铁路集装箱办理站之一。
中心周围分布津浦、沪宁、宁皖赣、宁西线路。
总体规划南京龙潭保税物流中心规划占地面积为3平方公里，分期建设。一期总投资6.9亿元，占地面积0.86平方公里，其中封关面积0.76平方公里，分为仓储区、管理区、查验区三个区域，规划范围为疏港大道以南、临港路以北、三江口以西，港际路以东区域。规划建设22万m2的现代化仓库，6.66万m2的堆场，2009年将全部建成，届时将成为南京市层次最高、规模最大、功能最全的海关特殊监管区域。
保税设施智能卡口（Intelligent entry）：卡口通道由箱号识别系统、RFID电子车牌识别系统、车牌识别系统、栏道机管理系统、地磅数据采集系统等组成卡口智能放行系统，与中心海关备案管理系统直接连通，实现24小时无人通行。
仓储设施（Storage facilities）：仓库拥有完善的安保体系和消防设施。其中自动喷淋系统、烟感探测系统能全方位覆盖整个仓库，集中报警控制器、火灾显示盘、手动报警、警铃等设备均处于同行领先水平，完全能够满足各类仓储需求。通过先进的视频系统网络，在任何地方，任何时间，观看到仓库内的情况，即时掌握货物动向。
监控系统（Monitoring system）：在周界围网建成36路视频监控，52对周界围网防入侵报警组成一整套先进的安防系统。
海关辅助监管系统：中心自行组织开发了海关辅助监管系统，可保证海关H2000系统的不间断运营，这一辅助系统是全国首创，得到了海关总署的高度评价。根据货物进出境备案清单，实现以下功能：1、无漏项监管：可分企业、分仓库、分时间、分HS编码对进出中心货物进行归并统计；2、分送集报：当月进出货物先通过辅助系统进行登记管理，现场通关、查验后，月底集中报关，并进行核销；3、流程管理：卡口、查验场、报关报检大厅、中心调度各环节自动流转，限时办结，数据自动匹对，自动放行。
人文环境南京龙潭保税物流中心位于南京栖霞区，紧邻南京栖霞山。栖霞山又名摄山，山有三峰。主峰三茅峰海拨286米，又名凤翔峰；东北一山，形若卧龙，名为龙山；西北一山，状如伏虎，名称虎山。
栖霞寺座落在栖霞山中峰西麓，是南京地区最大的佛寺，现有山门、天王殿、藏经楼、鉴真纪念堂等主体建筑。南朝齐永明元年，隐士明僧绍舍宅为寺，称"栖霞精舍"，因此得名。后成为江南佛教三论宗的发祥地。
栖霞山驰名江南，因为不仅有一座栖霞寺，更有南朝石刻千佛岩和隋朝名构舍利塔，还因为它山深林茂，泉清石峻。深秋的栖霞，红叶如火，登高远望，甚为壮观，景色十分迷人，被誉为“金陵第一明秀山”，民间素有“春牛首、秋栖霞”之称。
