昌吉回族自治州科学技术协会的宗旨是：坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，团结和动员各族科学技术工作者以经济建设为中心，坚持科学技术是第一生产力的思想，实施科教兴昌战略、人才强州战略和可持续发展战略，建设创新型国家，努力构建和谐社会，促进科学技术的繁荣和发展，促进科学技术的普及和推广，促进科学技术人才的成长和提高，促进科学技术与经济的结合。为经济社会发展服务，为提高全民科学素质服务，为科学技术工作者服务，推动社会主义经济建设、政治建设、文化建设和社会建设，为建设更加繁荣富裕和谐的昌吉而奋斗。昌吉州科协始建于1981年10月，2008年编委核定行政事业编制10名，其中县级领导职数3名，副县级调研员3人，科级领导职数2名;离退休人员6名。内设办公室(学会部)、普及部，所属事业单位2个：昌吉州科技咨询服务中心、昌吉州少数民族科普工作队，昌吉州反邪教协会（挂靠在州科协）；自治州全民科学素质领导小组办公室、自治州农牧民科技培训协调领导小组办公室均设在科协。
昌吉州所辖五县二市一区，建有7县(市)科协，县(市)实行科协、科技局合署办公。全州县(市)有专兼职工作人员31人。
昌吉州现有州级学(协)会26个，会员10000余人，农村专业技术协会238个，会员36000余人，全州共有各类专业技术人员25386人(2007年)，少数民族专业人员6979人。占全州科技人员总数的27.49%。
昌吉州科协及所属团体的主要任务是：---开展学术交流，活跃学术思想，促进学科发展，推动自主创新。
--- 组织科学技术工作者为建立以企业为主体的技术创新体系，全面提升企业的自主创新能力作贡献。--- 依照《中华人民共和国科学技术普及法》，普及科学技术知识，倡导科学方法，传播科学思想，弘扬科学精神，提高全民科学素质。
--- 反映科学技术工作者的建议、意见和诉求，维护科学技术工作者的合法权益。捍卫科学尊严，促进学术道德建设和学风建设。
---组织科学技术工作者参与科学技术发展规划、政策法规制定和有关事务的政治协商、科学决策、民主监督工作。
--- 表彰奖励优秀科学技术工作者，举荐人才。
---开展科学论证、咨询服务，提出政策建议，促进科学技术成果的转化；接受委托承担项目研究、项目评估、成果鉴定，参与技术标准制定、专业技术资格评审和认证等工作。
--- 开展民间国际科学技术交流活动，促进国际科学技术合作，发展同国外科学技术团体和科学技术工作者的友好交往。
--- 加强与区内外学术团体的科学技术交流。
--- 开展继续教育和培训工作。
--- 兴办符合昌吉回族自治州科学技术协会宗旨的社会公益性事业。
自治州学会：自治州学会是昌吉回族自治州科学技术协会的团体会员。县（市）学会是县（市）科学技术协会的团体会员。自治州和县（市）科学技术协会发展团体会员。
团体会员的义务和权利：团体会员的义务：遵守《中国科学技术协会章程》和本《实施细则》，执行科学技术协会的决议和决定，开展符合规定的各项活动。
团体会员的权利：推选代表参加科学技术协会代表大会，参加科学技术协会的活动，对科学技术协会的工作提出建议，批评并进行监督。
学会和基层组织发展个人会员，在个人会员比较集中的单位可设团体（单位）会员；可根据《中国科学技术协会章程》和《昌吉回族自治州科学技术协会实施<中国科学技术协会章程>细则》，结合实际，制定发展个人会员的具体条件和管理办法。
