协会宗旨是团结和动员科学技术工作工作者以经济建设为中心，促进科学技术的繁荣和发展，促进科学技术的普及和推广，促进科学技术人才的成长和素质的提高，促进科学技术与经济的结合，为社会主义物质文明和精神文明建设服务，反映科学技术工作者的意见，维护科学技术工作者的合法权益，为科学技术工作者和科学技术团体服务。数十年来，吐鲁番地区科协在建设社会主义物质文明和精神文明方面发挥了独特的作用。
吐鲁番地区科协是中国科协的地方组织，业务受自治区科协的指导，其组织网络包括自然科学和工程技术等领域的23个学会、协会、研究会，会员3500余名；县市科协3个（吐鲁番市科协，鄯善县科协，托克逊县科协），乡镇科协（科普协会）26个；农村专业技术协会57个，会员1.5万余名；全地区拥有各类会员1.8万余名。全地区两县一市科协，全部参照公务员管理。其中：鄯善县科协独立建制，事业编制5名，实有8人，有自己的固定办公场所；吐鲁番市科协（有独立的账号）与科技局合署办公，有行政编制5名，实有3人；托克逊县科协与科技局合署办公，有事业编制3名，实有3人。
吐鲁番地区科协机关内设机构为办公室、业务科，一个二级事业单位，即地区少数民族科普工作队。截至2007年底，吐鲁番地区科协编制8人，现在编8人，其中，县处级领导4名，科级干部3名，工勤人员1名，100%为大专以上文化程度。
2006年，地区科协先后荣获了中国科协“全国科普日活动”先进集体、自治区青少年科技创新大赛优秀组织奖、自治区反邪教文艺汇演三等奖等荣誉称号，为科协事业的可持续发展奠定了基础。2005年5月23日，地区科协主席马友博代表新疆科技界（共13位代表）光荣出席了中国科协第七次代表大会，作为会议代表在人民大会堂受到了胡锦涛总书记等党和国家领导人的亲切接见。2005年10月，地区科协获自治区级精神文明单位。
地区科协获得法律法规授权履行公共事务管理职能的依据分别是中华人民共和国科学技术普及法和新疆维吾尔自治区科学技术协会普及条例、新疆维吾尔自治区科学技术协会条例、吐鲁番地区科学技术协会章程。
作为吐鲁番科技界的代表，地区科协及所属团体工作的指导思想是，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，认真履行地委和行署联系科技工作者的桥梁和纽带职责，坚持为经济建设服务、为提高全民科学素质服务、为科技工作者服务，团结和动员各族科技工作者努力为“科技兴吐”、人才强吐战略、为全面建设小康社会、建设创新性地区、建立和谐吐鲁番作贡献。
吐鲁番地区科协及所属团体的主要任务是：开展学术交流，活跃学术思想，促进学科发展;弘扬科学精神，普及科学知识，传播科学思想和科学方法,捍卫科学尊严，推广先进技术，开展青少年科学技术教育活动，提高全民族科学文化素质;反映科学技术工作者的意见和要求，维护科学技术工作者的合法权益,组织科学技术工作者参与地区科学技术政策、法规制定和事务的政治协商、科学决策、民主监督工作;表彰奖励优秀科学技术工作者，举荐人才;开展科学论证、咨询服务，提出政策建议，促进科学技术成果的转化，接受委托承担项目评估、成果鉴定、专业技术职务资格评审等任务;开展民间国际科学技术交流活动，发展同地区内外的科学技术团体和科学技术工作者的友好交往;开展继续教育和培训工作等。
