吴锡祺 1901年生于河北省大城县张裴庄。其父在县城经营布店，家中生活较宽裕。1918年考入清河陆军军官预备学校。毕业后赴日本，入日本陆军士官学校第十四期步兵科，1923年9月毕业回国。经王耀东介绍，入冯玉祥部学兵团，任上尉教官。
1924年北京政变后，学兵团扩为第八混成旅，任旅参谋长。1925年1月，冯部大将李鸣钟任绥远都统，吴任都统署军务课上校课长。10月，调任北京警备总司令部（鹿钟麟）少将参谋长。
1926年初，直奉联军进攻冯玉祥部，4月，冯部西北军分成东西两路分别迎战奉直军阀，鹿钟麟任东路军总司令，吴任东路军司令部参谋长，参与指挥了南口及察东诸战。南口大战失利后，随军撤往甘肃。
1925年9月，冯玉祥在五原誓师，组建国民联军，吴任国民联军总司令部参谋处副处长，不久处长李兴中调任职，吴升任处长。1927年5月1日 国民联军改编为国民革命军第二集团军。仍任参谋处处长。
因队伍扩大过快，冯玉祥为加强军官素质，将西北军干部学校改为西北军军官学校，任命吴为校长。吴采取日本军校训练方法，大力培训基层军官。
1929年9月，鹿钟麟代理南京国民政府军政部部长，调吴任军政部总务所所长。不久，吴赴上海、北京治病，1931年11月出院，此时中原大战已经结束，西北军解体，吴便投蒋介石，任陆军步兵学校筹备委员会委员、教育处处长。1935年春，吴赴北京治病，时原西北军大将宋哲元任冀察政务委员会委员长，吴治好病后被宋任命为天津长芦盐务稽核所税警团团长、稽核所帮办。1937年8月上旬第二十九军扩编为第一集团军，任集团军高参。1938年6月，吴奉调回南京，仍任陆军步兵学校教育处处长。1940年初，受蒋介石之命赴印度，入美军驻印军军官战术学校学习二个月。1940年春，陆军步兵学校于广西全县设立西南分校，吴任分校中将主任，即校长。
1944年冬，日军袭扰湘桂，分校并入本校，时军政部兵役署脱离军政部，扩大为兵役部，由鹿钟麟任部长。鹿调吴到重庆任兵役部征补司司长,负责为抗战补充定员.抗战胜利后,吴调为军事委员会中将参议.后又调任国防部中将参议、华中军政长官公署干训班副主任，1949年12月7日在广东钦县被俘。后任解放军第4高级步兵学校训练部军事教员，解放军中南军区级步兵学校训练部军事教员、解放军中南军区高级研究班助教，1952年8月分配到北京市教育局，1953年6月，经李兴中、邓熙哲介绍加入民革，后任民革北京市委委员。1982年8月30日在北京病逝。
