对人和生物有害的微生物、寄生虫等病原体和变应原等污染水、气、土壤和食品，影响生物产量，危害人类健康，这种污染称为生物污染。
水、气、土壤和食品中的有害生物主要来源于生活污水、医院污水、屠宰、食品加工厂污水、未经无害化处理的垃圾和人畜粪便，以及大气中的飘浮物和气溶胶。其中主要含有危害人与动物消化系统和呼吸系统的病原菌、寄生虫，引起创伤和烧伤等继发性感染的溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌，以及可引起呼吸道、肠道和皮肤病变的花粉、毛虫毒毛、真菌孢子等大气变应原。这些有害生物对人和生物的危害程度，主要取决于微生物和寄生虫的病原性、人和生物的感受性以及环境条件三个因素。
空气中的微生物多数是借助土壤以及人和生物体传播，或借助大气飘浮物和水滴传播。地面的微生物、大气中飘浮的微生物均可进入水中而污染水体。邻近城镇的水体，含有害微生物和寄生虫卵较多。海水中病源菌比淡水少，但海滨、港口因接纳污水，常含有病原菌。水生生物中常带有致病菌。鱼的受污染部位主要是口腔、鳃、胃、肠和排泄腔。土壤中分布最广的是肠道致病性原虫和蠕虫类。
生物污染可分为四类：一是霉菌，它是造成过敏性疾病的最主要原因；二是来自植物的花粉，如悬铃木花粉；三是由人体、动物、土壤和植物碎屑携带的细菌和病毒；四是尘螨以及猫、狗和鸟类身上脱落的毛发、皮屑。