主要职能(一)贯彻执行“一国两制”方针和中央对香港、澳门的政策规定，执行香港特别行政区基本法、澳门特别行政区基本法。
(二)了解香港、澳门的有关情况，提出政策建议。
(三)负责与香港、澳门特别行政区政府的有关工作联系。
(四)承办国务院交办的与香港、澳门有关的法律事宜，就基本法实施涉及的相关法律问题研究提出意见。
(五)负责指导和管理内地与香港、澳门因公往来的有关事务，协同有关部门和地方推动与香港、澳门在经济、科技、文化等领域的交流与合作。
(六)参与拟订对驻香港、澳门中资机构有关管理的政策，参与内地企业和中资机构在香港、澳门的有关协调工作。
(七)对中央驻香港、澳门机构提出的有关事宜提供意见、建议和工作协助。
(八)承办国务院交办的其他事项。
内设机构国务院港澳事务办公室设6个内设机构(正司局级)
秘书行政司：负责机关文电、机要、档案和安全保密、信访工作；负责机关财务、基建工作。
综合司：承办中央对港澳重要政策落实的督促检查工作并协调解决执行中的有关具体问题。
政研司：了解和研究香港、澳门政治经济社会发展情况和重要动态，起草有关重要文稿。
联络司：承办内地与香港、澳门特别行政区政府联系的有关事务；承担内地公务人员因公赴港澳的审核、审批及证件的签发、管理工作；依法管理港澳在内地新闻机构和记者事务；办理中央政府驻港澳机构提出的有关事宜；承办新闻发布工作。
交流司：了解香港、澳门经济、科技、文化等领域的有关情况，协同有关部门和地方拟订交流与合作的政策和措施，参与拟订内地派驻香港、澳门中资机构有关政策；参与重大交流合作事项的协调工作；承办内地与香港、澳门民间交往的有关审核管理工作。
法律司：宣传香港特别行政区基本法、澳门特别行政区基本法，研究基本法实施中涉及的有关法律问题；承办与香港、澳门特别行政区法律机构的往来事务；协同有关部门办理涉港澳司法协助事宜。
机关党委（人事司）：负责机关和直属单位的党群工作。人事司承担机关和直属单位人事管理及机构编制工作；负责机关离退休干部工作。
下属单位港澳研究所、机关服务中心
