金陵海关是服务于江苏省南京市的地市级海关机构，副厅级编制行政机关单位，隶属于南京海关（南京海关是江苏省级海关）。南京地区设置了新生圩、龙潭港、禄口机场、邮办、铁路西站、出口加工区及南区、江北化工园、龙潭港保税物流中心等10多个查验现场，6个接单现场，2个减免税现场；除出口加工区外，进出口货物必须按照进出南京运输方式的不同，分水运、公路、空运、邮运和铁路分别运至相应的6个场所接受监管，所有南京市辖区13个行政区县的海关业务全数隶属于金陵海关办理。
金陵海关于2011年1月25日获得中华人民共和国国务院批准正式成立；目前南京的海关机构主要有5个，分别是南京海关现场业务处、驻邮局办事处、驻禄口机场办事处、驻江宁经济技术开发区办事处和新生圩海关；成立金陵海关后，由金陵海关头筹管理原来的5个海关机构，变为金陵海关一站式办理海关手续，减少多方协调环节，提高通关效率，从而降低企业的生产经营成本。