定义一个因素的水平之间的平均数差异，称为该因素的主效应。当研究设计被呈现为一个矩阵，并且第一个因素定义行，第二个因素定义列的时候，行与行之间的平均数差异描述就是第一个因素的主效应，列之间的平均数差异描述的是第二个因素的主效应。
用例例如:在心理学实验中有人这样提出.在炎热的夏天,很难做出清晰地思维。在这里就会牵扯两个变量，1 温度，2湿度。于是乎做出了实验设计并实验，后，得出这样的结果，我们用表格来表示：
70°
80°
90°
低湿度
M=85
M=80
M=75
M=80
高湿度
M=75
M=70
M=65
M=70
M=80
M=75
M=70
在表中M表示均值，加粗为行或列的总均值
在表中低湿度的均值M=80与高湿度的均值M=70，这两个总均值的差异就被称为湿度的主效应。