基督福音传入深圳地区始于1846年。分别隶属于崇真会和礼贤会，先后设立了27个教堂和宣道所，地点主要集中设于宝安地区。 深圳堂原位于罗湖区，创建于1898年，其宗派背景为礼贤会。1949年，重建新堂，地址设于和平路22号。文革期间，教堂被其它单位占用，教牧人员回家务农，教会被迫停止了一切活动。
文革后政府宗教自由政策得以落实，1983年在政府宗教部门的关心和帮助下收回和平路教产。得蒙上帝看顾，经教会前辈们多方努力，于1984年5月27日始得复堂并重新恢复聚会，成为深圳第一间恢复崇拜重新开放的教堂。其时，教堂的面积只有120平方米左右，开始聚会的人数也只有70多人，每主日只有一场崇拜，随着信徒人数的逐渐增加，主日崇拜增加到两场、三场。发展到聚会时连楼梯间及同工之住所的厅、房、厨房都坐满了人，就是教堂门口马路边上都满了参加礼拜的信徒。教会在这期间也相继成立了诗班、潮语聚会、查经祈祷会、朝鲜语聚会、妇女聚会、青年聚会，开展断期义工培训等。每年安排有两期的慕道班学习。25年来共有50期的洗礼，洗礼的信徒约有一万三千多人。
由于城市规划建设的需要，教堂在拆迁的范围内，1997年4月，和平路教堂搬迁往松园路租用一工业厂房作为临时聚会崇拜及其他活动之用。这时主日聚会人数已增至3500人之多。教会各项圣工得到更大的拓展，主日学，售书组等事工也开始配套服务。
1998年，政府在福田区梅林花果山边规划了4400平方米（包括绿化带）作这新堂建设用地。1999年7月3日举行了奠基典礼，2000年8月封顶，2001年12月9日投入使用。在2003年1月份原松园路的聚会地点也搬到北斗路文华花园的六角楼二楼（租用），方便了在罗湖区的信徒崇拜。
新堂工程总造价约人民币三千万元，百分之九十以上来自深圳教会本地信徒弟兄姊妹的热心奉献。2003年上半年还清全部工程欠款，同年八月举行新堂献堂感恩崇拜。
新堂的建筑面积共8265平方米，主体建筑高28米，十字架高达70米，总造价（含装修）共人民币2900多万。主堂和副堂一次性可容纳2000多人的聚会。新建成的新堂是一座含崇拜、停车、会议、招待等各样活动场所在内的多功能建筑物。其外观宛若圣经中所记挪亚时代的方舟，安静地停泊在梅林花果山边；她雄伟壮观，线条明快，造型新颖，又富有强烈的时代感。她不但成为梅林地区的一大景观，更是成了上帝在这个时代对世人拯救和恩典的象征！
目前，教会在这里开展了各样的活动，礼拜天有四场崇拜，参加人数约6000多人次。周间有姊妹聚会、潮语聚会、青年团契、少年团契，主日学，英文团契、工商团契、迦拿团契，查经祈祷会、诗班练唱。此外教会近年来又开办了初信栽培，新生命成长班，门徒培训班，同时还有售书组、福音组、信仰咨询等等相关信仰及其他方面针对弟兄姊妹服务的活动。教会每年举办二期慕道班，每期约700多人受洗归主。上帝将得救的人加添给教会，也将恩典日益彰显！
深圳堂现有教牧同工9位，职员15位，主要做好牧养和日常事工，还有义工约1000多位大力协作各项圣工的开展。愿教会在这个时代中更加成为一个见证上帝、荣耀上帝的教会！
