1992年，Liang和Pardee首次提出差异显示技术(DD-PCR)，并且利用这一技术克隆了几个基因。由于该技术具有快速、灵敏、简单和可分析低丰度mRNA的优点，很快成为克隆新基因和研究植物基因表达的有力工具。这项技术最初用于医学研究上，近年来已开始在高等植物研究中应用，为研究高等植物的发育、生理代谢、基因表达提供了重要的技术手段。
差异显示的基本原理是，利用一系列的oligo(dT)引物，逆转录真核生物细胞中全部表达的mRNA，通过PCR扩增的方法，转换成cDNA双链，再利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，将有差异的片段分开，筛选出目的基因。其技术一般包括下列步骤：(1)从植物组织中提取总RNA，在这个步骤中注意不能有DNA污染，一般用无RNA酶的DNA酶在37℃下处理30 min；(2)在逆转录酶作用下，以Oligo T11MN 为引物(M为G、A、C中的任一种，N为A、C、G、T任一种)，进行逆转录；(3)PCR反应，扩增cDNA的第一条链；(4)扩增后的cDNA进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，使差异表达的cDNA片段在6%测序胶上分开；(5)找出不同处理间差异显示的条带，从胶上切割下来，并回收，再进行第二次扩增；(6)克隆差异片段，差异片段可作为探针；(7)Northern 杂交，验证目的片段，去掉假阳性片段；(8)对目的片段进行测序；(9)以克隆的目的片段为探针，从基因组文库中筛选出相应的全长基因。
差异显示技术由于充分利用PCR技术和反转录，因此比较快速，且利用该技术能够观察细胞中mRNA的组成，了解植物不同发育阶段或不同环境条件下的细胞之间的差异表达，克隆目的基因。此项技术常用于下列领域：1.基因表达，2.基因的鉴定与克隆，3.研究激素对植物发育的影响，4.研究植物发育过程，5.研究抗病机制，6.研究次生代谢途径，7.研究抗冷机理。
