达尔文的共同祖先理论可以应用到地球上的整个生物界。根据比较解剖学的研究，科学家推测一种生活在2亿年前的温血的两足行走的爬行动物是恐龙和鸟类的共同祖先。爬行动物与哺乳动物之间则由一种属于似哺乳爬行类的兽孔类联系起来。兽孔类曾经在2亿5千万年前主宰地球。
按这样的方法，物种之间的联系还可以继续向更遥远的年代追溯，最后都归结到细菌。最古老的细菌化石发现在30多亿年前，是地球上发现的所有生命形式当中最为古老的。
地球上曾经存在的仍然存在的所有生命都源于同一种原始生命形态的推断在DNA中也得到了戏剧性的证实。生物化学告诉我们，各种生物的生命过程都是一样的。
兽孔类
therapsid
二叠纪和三叠纪爬虫类的一个主要目(兽孔目〔Therapsida〕)的任何成员。兽孔类是产生哺乳类的祖先。早在石炭纪前出现了一支独特的演化线，从哺乳动物最古老的祖先盘龙目(Pelycosauria)开始，直到哺乳类，从其中的盘龙科分化出兽孔类。较晚期的类型除澳大利亚以外各个大陆都有，但在南非的晚二叠纪和早三叠纪最普通。四肢和肢带改变成四足移动。像哺乳类那样，在头骨的顳区有一个顳孔。大多数种内，牙齿分化成像哺乳动物的门齿、短剑状的大犬齿及一系列研磨用的颊齿。然而下腭在构造上是爬虫类式的，由七块骨头组成而不是像哺乳类那样由一块组成，并具有与头骨结合的原始方式。在进步类型中，口腔顶部有一块骨质硬腭，像哺乳类那样。著名的兽孔类旁枝是食草的二齿兽类，它们仍有上犬齿，但其他牙齿被角质喙替代了。肉食的兽孔类中，丽齿兽类和兽头类是二叠纪的代表性动物，犬齿兽类和包氏兽形类是进步的三叠纪的代表。晚三叠纪，甚至侏罗纪有一些兽孔类，但大多数到那时绝灭，或已演化为原始的哺乳类。
