根据２００６年省委常委会第１４号会议纪要、２００６年省编委第１号会议纪要精神及皖编办（２００６）１３０、１７９号文件要求，省知识产权局由处级升格为副厅级建制。其主要职责如下：(一)贯彻执行国家专利及相关知识产权工作的方针、政策和法律、法规，研究拟定全省专利及相关知识产权工作政策和地方性法规、规章草案并组织实施；
(二)编制全省专利工作中长期发展规划，研究制定全省专利与相关产业协调发展的战略和政策并组织实施； (三)负责组织全省专利和相关知识产权法律法规的宣传普及与培训工作；
(四)负责全省专利工作，依法处理专利纠纷和查处假冒和冒充专利行为；
(五)负责专利代理机构的审批及相关中介机构的管理工作，负责专利代理人管理工作；
(六)研究制订本省专利信息网络发展规划，指导本省的专利信息利用和服务工作；
(七)负责专利工作的对外联络与合作交流，统筹协调本省的涉外知识产权事宜；
(八)承办省政府、国家知识产权局和省科技厅交办的其他工作。
内设机构综合规划处(挂办公室牌子)
研究拟订全省专利发展战略以及有关政策、措施，编制全省专利中长期发展规划，并组织实施和监督检查；负责专利信息统计、分析与预测工作；制定全省专利信息网络发展规划并组织实施；开展专利技术信息利用研究，指导专利信息利用和服务工作；承担局机关日常管理工作。
专利管理处(挂专利代办处牌子）
负责专利的日常管理工作；研究拟定全省专利及相关知识产权工作政策和地方性法规、规章草案，协调地方专利立法中的重要事项；负责专利代理机构的审批及相关中介机构和专利代理人的管理工作；依法调解处理专利纠纷案件和侵权案件，打击、查处假冒专利和冒充专利行为；组织实施专利侵权和其他纠纷案例、涉外案例的报告制度；管理、组织专利广告出证工作。受国家知识产权局委托，受理专利申请，收缴专利费用，从事与专利申请相关事务的查询、咨询等服务性工作。
合肥专利代办处：
地 址： 合肥市黄山路601号合肥科技创新公共服务中心
协调指导处
协调省直各部门专利管理工作；指导、协调本省各行业及本省所辖市、县的专利管理工作；指导企事业单位开展专利实施和专利技术产业化工作，贯彻落实促进专利发展的优惠政策和措施；协调本省涉外知识产权工作；负责全省专利法律法规的宣传普及与培训的组织实施工作。
