亦称“藏寺”、“什藏寺”等，藏语称“藏噶尔端珠惹卜丹林”，意为“石藏义成极坚洲”。位于县治南偏东，在今河北乡东12公里的石麻地方。由第一世藏班智达初建于清乾隆三十年（1765）。一世藏班智达，本名丹巴嘉措（1737一1780），藏阿柔部落人，传为出生于后藏乃亥麻地方的色拉寺高僧藏格的转世，早年学经于隆务寺，后入藏到色拉寺杰巴扎仓深造， 1762年获得拉然巴格西学位。返回故乡后，在青海和硕特蒙古前首旗河南亲王旺丹多尔济帕兰木（察罕丹津之孙）的支持下，于1765年，与其弟孕科尔四世罗桑丹增嘉措共建石藏寺，并设立显宗学院，采用色拉寺吉宗教程，属色拉寺系统。清乾隆四十四年（1779），六世班禅进京途经青海，在拜谒班禅的法会上，六世班禅赞誉丹巴嘉措是精通五明的大班智达，同时接受石藏寺为扎什伦布寺子寺，六世班禅还应邀作了石藏寺的名誉寺主。从此，石藏寺声威大震，僧数猛增至千人以上，建筑规模不断扩充，次第建成大小经堂、护法殿及其他佛殿和众打“噶日哇”（活佛府邸），增设居巴扎仓（密宗经院）。藏班智达系统亦称“石藏仓”，共传五世，即一世丹巴嘉措、二世索南木群仓、三世罗卜藏智后嘉措、四世罗卜藏图丹尼玛。罗卜藏图丹尼玛之后，该系统派生为两支，一为石藏仓黄江洋，1914年生，现任海南州人大常委会副主任；一为阿芒仓。藏班智达第一、三、四世均为阿柔部落人，且石藏寺的修建主要依靠阿柔部落的经济实力，所以从古到今，阿柔部落为该寺的僧源和香火地。石藏寺除藏班智达外，历史上曾充任过寺主的还有藏拉卜楞仓、拉干查仓、尕科尔仓和阿尕查仓等。另外，据《安多政教史》记载，当时还有参果仓、噶瓦堪布、哇秀堪布、大小吉仓、大小日仓、玛堪活佛、贡塔尔仓、藏格西、尼仓、依俄俄然巴、扎月仓、阿柔赤巴、卓仓等活佛在石藏寺建有府邸。此外，第三世达赖呼图克图年智嘉措曾捐资扩建石藏寺经堂，从第四世根敦图多嘉措起，在石藏寺建“噶日哇”，亦成为该寺活佛。历史上石藏寺曾有属寺3座，即今黄南州河南县的拉卡寺、同仁县的瓜什则寺和四川省的达龙寺。
1941年寺院被毁，寺僧一度流亡甘南桑科地方。解放初，石藏寺得到恢复。1953年，全寺有寺僧150户484人）其中有黄江洋、藏拉卜楞仓、拉干查仓、尕科尔仓、阿尔查仓等大小活佛16人外，另有资玉合1人，文保1人，管家15人，僧官3 人，干巴7人。当时，建有总领全寺的大小经堂各1座、佛殿 3座、印经院1座以及大小昂欠16座（规模较大者4座）和许多僧舍，设有密宗、时轮、医学三个扎仓。1958年，寺僧增至583人，内有寺主藏班智达黄江洋、拉干查仓、阿芒仓（现任寺管会副主任）、藏朱古（现任寺管会副主任）、尕科尔仓、吉赤干、哇秀、列吉仓（现住贵南县）、霍尔仓（现居黄南州河南县）、香萨、尔德（现居河南县）、旦白尼玛（现任河南县政协副主任）、堪布仓、阿柔、参果、赞古、隆务资玉合、贡太、麻堪、夏排（现任海南州人大副主任）、日血（现任寺管会副主任）、哇玉（现居河南县）、宗俄、资玉合洛热等大小活佛25人 。寺院 建筑占地44亩，主要有大经堂1座220间，小经堂1座51间，护法殿1座17间，时轮经院1座35间，时轮辩经院1座19间，时轮静房1座9间，麻尼房293间，昂欠16座826间，加之僧舍，全寺共有建筑2668间。另外占有4．8 万亩草场和大量牲畜，计有马近百匹，牛360头，羊数千只。 1958年主要建筑被拆毁，僧人全部遣返回乡。1962年5月曾批推开放，但没有修复。1981年5月再次批准开放，现修复大经堂1座110间，小经堂1座51间，佛堂2座28间，连同昂欠、僧舍等共计1000余间。有寺僧260人（其中有黄江洋、阿芒、日血、藏朱古等活佛4人，完德51人），由黄江洋等11人组成寺管会。另外，有寺办小学1所，现有教师2名，学生52 名；寺办藏医诊所1座，医生3人，草山1200亩，牛198 头。
该寺现仍设参尼、居巴、丁科、曼巴四个扎仓，均采用西藏色拉寺吉宗教程，其学习程序是先学文化，次学“小五明”，再学“大五明”，然后根据自己的爱好和专长进行单项攻读，以便考取学位。
石藏寺现任主石藏班智达活佛（黄江洋），56岁，甘肃省甘南州人，任青海省海南州人大副主任；州佛教协会副会长；青海省佛教协会常务理事。
